朱载坖不能保证，所以对于高拱的这个建议，朱载坖内心还是有些抵触的。
见朱载坖有些犹豫，高拱说道：“陛下，若再有英庙、王振之故事，如之奈何？”
朱载坖当然明白高拱的意思，在内阁和司礼监的斗争中，内阁往往是处于劣势的，因为司礼监掌握着批红的权力，也就是决策权力，对于内阁来说，是很难在和司礼监的斗争中取得上风的，而一旦按照高拱的建议施行的话，内阁就可以在和司礼监的斗争中取得主动。
朱载坖思考了一下之后，对高拱说道：“高师傅，国朝定例，内阁拟票、司礼监批红，本来高师傅的上疏，朕自无不可，然中旨亦朕之意，如边关军务、亲军调动，皆机密之事，岂可为外人所知？此不可一概而论者。”
朱载坖认为，有通政司进奏的章疏，除了留中不发的之外，其余都全部通过内阁发转六科，这个朱载坖可以答应，但是御批奏疏的权力必须保留，皇帝有权力不经内阁拟票直接御批奏疏，但是内阁也可以行使封驳权，这样的话，也算部分答应了高拱的要求，就是日后所有的奏疏还是会从内阁过一遍的，这是为了平衡内阁和司礼监的权力，但是不能因为平衡内阁和司礼监，来限制朱载坖的权力。
朱载坖说完了此事，就说到了张居正的身上，朱载坖说道：“高师傅，张阁老在南京也已经有数年了，眼下内阁调整，张阁老要不要动动。”
朱载坖这里涉及了两个问题，就是张居正要不要回京，如果张居正回京的话，谁去南京，或者说还派不派督师。
对于这个问题，朱载坖有明确的看法，无论是否调张居正回来，督师南京都必须保留，以内阁大学士督师南京，是朝廷加强对于东南控制的重要手段，这是不能动摇的。
高拱认为，张居正在南京任上，确实是建树颇多，南直隶、浙江等处的清丈田亩、赋役改革等，都干的非常之漂亮，现在正是大举推动改革的时候，张居正再留在南京，就有些不合时宜了。
高拱建议将张居正调回京师，由殷士儋出镇南京。朱载坖当然知道高拱的意思，这样一来的话，在内阁中就没有明确和高拱唱反调的人了，郭朴是高拱的政治盟友，张居正在很大程度上和高拱的政治主张相近，陈以勤去修书了，吕调阳根本不能对高拱造成什么威胁，这样的内阁正好适合高拱大展拳脚。
朱载坖于是同意了高拱的意见，下旨日后内外章疏，不管是拟票批红之后还是直接御批之后，都要经过内阁再发转六科，其二就是原武英殿大学士张居正回京办事，文华殿大学士，少师兼太子太师、礼部尚书殷士儋督师南京，仍兼南京兵部尚书参赞机务，节制浙直闽广等处水陆军务事兼督理粮储，假节钺如故。
随后朱载坖下令，正式在内阁实施分票制，要求首辅高拱拟定分票方案。