瘟疫的阴霾刚刚散去，空气中还弥漫着消毒水与艾草混合的气息，百姓们劫后余生，满心期许着能过上安稳日子，国家也全力投入重建。然而，命运的齿轮并未停止转动，新的挑战接踵而至，似汹涌波涛，再度席卷而来。
朝堂之上，残余势力见散播谣言、破坏情报组建未能得逞，竟勾结了朝中手握重兵的几位将军，妄图发动政变。他们趁着夜色，频繁密会，于密室之中谋划着如何里应外合，一举拿下皇宫，挟持新皇，改写朝堂格局。风声渐起，朝堂暗流涌动，一些忠臣有所察觉，却苦无实证，整日忧心忡忡。
南妘莲在与地主豪强周旋、指挥抗疫后，丝毫未松懈对朝堂局势的把控。她从蛛丝马迹中嗅出异样，那些平日里深居简出的将军，突然频繁出入京城权贵府邸，行为着实可疑。南妘莲不动声色，一面命情报队伍紧盯可疑之人，一面暗中联络几位忠心耿耿、手握关键兵权的老将，以备不时之需。同时，她进宫面圣，向新皇呈上收集到的零散线索，提醒新皇早做防范，新皇大惊，当即与南妘莲商议应对之策。
萧思蓉身处后宫，同样敏锐感知到风暴将至。妃嫔们消停没几日，又开始在宫闱间交头接耳、鬼鬼祟祟。她派出的心腹宫女偷听到她们与宫外势力暗通款曲，似在等待某个时机掀起大乱。萧思蓉果断出手，以雷霆手段处置了几个为首的妃嫔，将其打入冷宫，杀鸡儆猴，一时间后宫噤若寒蝉，那些心怀不轨者纷纷蛰伏，不敢再有异动。
边疆地区，小股游牧势力刚被皇子打压下去，草原深处却有更大的危机在酝酿。境外强国觊觎中原已久，趁中原刚经瘟疫、元气未复，联合周边几个部落组成联军，陈兵边境，剑拔弩张。他们训练有素、装备精良，旗号一挥，大有踏平边疆之势。消息传至京城，朝堂震动，众臣商议对策，有人主战，有人主和，争论不休。
皇子未等朝廷指令，率先加固边防工事，组织士兵日夜巡逻。他深知敌军来势汹汹，常规战术难以抗衡，便根据敌军联军构成特点，想出“分化离间”之计。他派使者秘密接触那些被裹挟而来、本不愿参战的部落，许以重利，晓以利害，劝其退兵；同时，加急书信回朝，请求朝廷增派援兵、筹备粮草，做好持久战准备。
国内经济刚有起色，瘟疫又致使大量农田荒废、商铺倒闭。百姓食不果腹，流离失所者增多，一些地方甚至出现哄抢粮食之事。南妘莲心急如焚，即刻推出“赈济安民、复工复产”计划。一方面，从国库拨出大批粮食、银钱，在各地设立粥棚、救济点，安置流民；另一方面，召集各地商贾巨富，许下税收优惠、政策扶持，鼓励他们重新开业，雇佣流民，盘活经济。
可实施过程阻碍重重，地方官员层层克扣救济物资，一些富商趁火打劫、哄抬物价。南妘莲大怒，亲率钦差队伍奔赴各地，严查贪腐官员，一经查实，严惩不贷；对不法商人，没收家产、投入大牢。一时间，官场商界人人自危，政令得以顺利施行，百姓生活逐渐恢复秩序。