动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。
常青镇压不力，乾隆又在五十二年1787年七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。当福康安从征金川为领队大臣时，是参赞大臣海兰察的下级，这次赴台湾作战，事隔十多年，福康安竟成全军主帅，海兰察仍是参赞大臣，但福康安能谦谦自下，又善于周旋，很好地发挥了海兰察的军事才能。十一月，福康安一行渡鹿仔港今台湾彰化西南鹿港，登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围0而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。清军又攻克俾长等十余村庄，起义军撤离诸罗。清兵追至大排竹，决溪水渡兵，焚烧了农民军的营寨。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围，被封为一等嘉勇公，赏红宝石帽顶，四团龙补服，以示优异。
同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，起义军寡不敌众，大小首领多人被俘。福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。为防止林爽文见追急自戕，福康安密令巴图鲁侍卫十人及屯练兵数百人，改换装束，深入高山密林，终于在乾隆五十三年1788年正月，于老衙崎俘获林爽文。林爽文被解往京师后，慷慨就义。
前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港今台湾台南县西北盐水镇观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安恒瑞，问其妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他打仗奋勉，仍请将恒瑞留于军营。乾隆五十三年1788年正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。等到福康安俘获林爽文本人之后，乾隆帝念其军功，仍亲解佩囊赐与福康安。
林爽文失败以后，福康安于乾隆五十三年1788年二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。
清廷以福康安为主帅，成功地镇压了台湾林爽文的起事，有效地维护了封建统治秩序，福康安因此再次受到乾隆帝表彰，上谕称他“用心周密，真能不负任使。“赏黄腰带、紫辔缰、金黄辫、珊瑚朝珠等物，并命于台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。
乾隆五十四年1789年正月，因安南国滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培，用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，乾隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。可见和珅、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。
驱逐廓尔喀
十八世纪中叶，清朝的邻国尼泊尔建立起廊尔喀族统治的新王朝，新国王蓄意向外扩张势力，于是乾隆五十三年1788年，廊尔喀以西藏当局征收贸易税太重为由，派兵入侵西藏边境。
乾隆五十六年1790年，廓尔喀又再次兴兵，直犯班禅额尔德尼驻锡的日喀则，洗劫了札什伦布寺，掠走大批珍宝财物。而驻藏大臣保泰临阵退缩，竟想把0和班禅移至青海。清廷闻报，即派福康安为将军，与参赞海兰察、奎林福康安堂兄率巴图鲁侍卫入藏，迎击入侵者。行前，乾隆帝对福康安面授方略。乾隆决心对廓尔喀大张挞伐，以求边境永远安宁。九月二十九日，福康安自京启程，由山西、青海一路驰驿赴藏，海兰察因率兵众多，由河南、陕西、甘肃分别行走至青藏。十一月，福康安收到乾隆谕旨，因青海口外时值隆冬，如果由此入藏，必然险阻丛丛，命他改道而行，该路均有驿站，只是稍迟于指定日期抵藏。福康安素性勇猛，认为军情紧迫，仍从西宁一路入藏。此时一路。青草未茂，马皆瘠疲，因福康安行走疾速才未至困境。十二月一日，福康安在西宁停留四天之后即轻装简从，由当噶尔东廓尔在今青海西宁市西面一带启程入藏，翌年正月初三到达青藏边界，正月二十日抵拉萨。从西宁至拉萨，全程四千六百里，途中步行六十天。
福康安所部军队隆冬时节入藏，所遇跋涉之险难以想象，他们每日凌晨三时动身，至卜午七时才能停止行进，每天所行道路需当地走两天尚有余，一些人迹罕至的雪山，旧雪积存至七、八寸或二、三尺不等，难于登陟。遇黄河发源处，泉水很多，冬季则处处结冰，乱石纵横，马蹄倾滑，行走更是艰难，不能速行。一旦行走至高地，又出现高山反应，“人行即喘，头目眩晕，肌肤浮肿”，加上水土不服，很多人染病身亡。参赞海兰察即生病返京，不久死去。驻藏大臣舒濂、参赞奎林等人也病死西藏。福康安虽是年富力强，也感寒犯病，略形困顿。福康安所部一路，寒冬兼程跋涉，越过世界屋脊，可谓奇迹。
福康安抵藏后，乾隆命他迅速出兵作战，不使廓尔喀军队有喘息之机，以尽快收复失地。此时西藏有军队一万六千余人，粮饷亦充足，于是福康安在各路人马到齐后，即行进剿。四月二十五日，福康安前往绒辖、聂拉木察看地势，定下进兵路线。四月二十七日，福康安由今西藏南部边境的第哩浪古进兵，五月六日行至擦木附近，然而擦木两山夹峙，中亘山梁，廓尔喀军队扎营在山高处，显然难以攻取。福康安乘夜色潜兵进攻，兵分五队，两路深入敌寨左右山梁堵截；两路绕至敌后，截断敌军退路，海兰察领一队由正路直攻敌寨。福康安则督军往来截杀，指挥作战。次日黎明，福康安督兵登山，靠近建于大河与山梁之间的两座石碉，毁两丈余高的城垣，与敌军短兵相接，终于攻克防守坚固的碉寨，夺取了擦木。
攻下擦木之后，福康安所部军队直趋济咙。廓尔喀军在济咙建有要塞，据险筑下各碉卡，相互援应，成椅角之势。五月十日，福康安分兵出击，先翦除旁边各寨，再以主力攻其中坚。
清军以木梯登寨，毁其石垒，并用大炮不断轰击，终于成功地占领济咙的廓尔喀军寨子，杀敌六百余人，活捉二日余人，收复了济咙。至此，清军廓清了自擦木至济咙边境的廓尔喀军。乾隆闻讯，自是十分欣喜，特赐福康安御制志喜书扇，加上御用佩囊，以表嘉许。