南下迎击曾天浩的南海舰队，其余战舰继续和通宝和尚的主力决战。西马见状虽然急得跳脚，但此时战斗正处于白热化，也来不及争辩，再犹豫浪费时间只会令舰队无所适从，于是他还是听从何伯的命令，亲自带领分出来的舰队南下迎击。
英国舰队一分兵，东海舰队这边的压力骤然减轻。通宝和尚也是海战老手，他迅速抓住这个机会，命令东海舰队剩下的战舰迅速调整方略，几艘甚至十几艘红单船、福船、沙船集中起来围攻一艘英国战舰。开始了他的蚁多咬象战术。
在人类海战史上，其实并不缺乏小型船只和大型战舰决战的战例，后世英勇的解放军海军就曾今在八六海战中打出过这种以小打大、以弱胜强的著名战例。虽然此时的英国海军相当精锐并非台海国党那种怯弱的海军，但此时太平军胜在船多。
随着双方的恶战持续展开。英国舰队开始觉得吃力，虽然他们的一艘战舰能够击沉太平军的多艘战船。但自己也要付出相当大的代价，一些吨位较大的战舰还好，只是严重损毁，而一些吨位小的则被彻底击沉。
何伯看到这个情景心疼不已，英军在远东的战舰沉一艘就少一艘，而且英军虽然造舰是全球第一，但造价也是不菲的，太平军用那种劣质的红单船、福船、沙船几艘换一艘英国战舰，明显就是英国人吃大亏。
南下迎敌的西马分舰队也好不到那里去，南海舰队本身有五十多艘红单船、福船和沙船等小型战船，这次出征前，曾天浩又根据和王资雨的商贸协定租用了台湾清军水师二十多艘战船一同出战，也是船只较多。西马的十三艘战船也遇到了何伯相同的麻烦，交战一个小时后，西马不得不命令剩下的十艘英国战舰迅速靠拢，围成一团，防备再被小型战船分割包围而击沉。
何伯这边也不约而同的采取了同样的方式，他剩下的八艘战舰靠拢之后，相互保护各自的侧翼和菊花，也让太平军的小型战船失去了穿插和迂回的空间。
看到这种情景之后，曾天浩和通宝和尚不约而同的命令自己的战船迅速脱离战斗，分头往南北两个方向撤离了。英军舰队靠拢之后，难以第一时间展开追击，而且海面上还飘着不少英军水兵，于是何伯和西马都下令停止追击，救助海上的落水者。
值得一提的是英国海军的人道主义精神，对于落水的太平军海军水兵，他们也进行了救助，只不过这些太平军水兵就成了俘虏。
舟山海战就这样以太平军主动撤出战斗而结束，太平军固然没有能够击败英国舰队，而英国舰队也没能彻底歼灭太平军海军。英军舰队损失十一艘战舰，而太平军损失的战船更多，特别是东海舰队损失了三十艘战船，南海舰队也损失十多艘战船，但似乎是太平军更加划算。
至此何伯舰队从离开香港时的三十六艘大小战舰，此刻只剩下十八艘了，而且还有几艘身负重伤，至于战果非常令人失望，他们没能占领任何一个沿海港口，也没能歼灭太平军海军，最后何伯和西马商议之后，只能带着两百多名从海上救起的太平军海军俘虏和满船的英军伤兵返回香港去休整了
第六百八十八章不言而喻
舟山海战结果是两败俱伤，虽然双方都没能达到战役目的，但相对来说，尽管太平军海军的人员和船只损失远远多于英军，但太平天国还是能够接受这个战果的，因为英、法两国海军比太平军海军强大得太多了。
舟山海战后，东海和南海两支舰队受损严重，无力再战，只能继续派出少量船只进行海上游击战，好在还有各路海盗参与其中，倒也没有弱了声势。这些海盗平日里也受够了英国人的围剿，而且中国的海盗在对外这种事情上，许多都还是能够一致对外，因此太平军通过各种手段拉拢了不少海盗一同作战。
于是，双方在南中国海及其附近海域展开了一场长期的海上游击战，而英法海军则没有再进行过大规模的北上远征行动，更没有再次发起过对太平军重兵防守的南方沿岸港口进行攻击，只是派出舰船对广州、厦门两地的港口进行了封锁。英法海军在等待援军的到来，没有强大的陆上兵力，他们即使能够袭占一两处港口，也是守不住的，于是英法海军也只是封锁离香港比较近的几处港口。
除此之外，英法海军很悲哀的发现，二十多年前那种一边和清军开战却一边能从清国百姓这边交易到各种物资的情景一去不复返了。英法海军远征出海，一旦想在沿岸进行食水新鲜蔬菜水果补给的话，是基本没有可能的。沿岸百姓没有一个会主动和英法进行交易，甚至一些还在洋行做买办的中国人上岸替英法海军进行交易，一旦被人识破。必定是打个半死。封锁厦门港口的英军舰队为了获得新鲜食水，甚至不得不发起战斗。厦门集中了附近为数众多的乡兵，厦门附近海岸经常爆发小规模的战斗。
同时。大陆的太平军也发起了封锁战略，自从开战以来，香港的英军就再也没有接到过来自广州等地的粮食、蔬菜、瓜果等物资供应。香港本地出产的农产品不足以供应香港本地使用，因为这里有数万香港居民还有英法两国的商人、海军官兵等等。很多时候，香港英军不得不到北部湾等地，从越南甚至更南的南洋进口农产品，保证香港的物资供应。
虽然海上的缠斗还在继续，但海上的贸易却从没有彻底断绝。由于此前美国人出面进行斡旋之后，英法美等国签订了远东战时贸易协定。英法两国舰队并没有把美国、荷兰、普鲁士、瑞典等国的商船作为目标，反正他们也不能完全封锁中国所有的港口，因此太平天国与外界的商贸并没有断绝，相反比较集中的汇集在上海宁波等地，更加催动了这两处贸易大港的形成。