渡性人物。
新潟县长冈市武士高野家的第六个儿子。因为这一年高野贞吉56岁，所以给儿子取名为“高野五十六”。他自幼受到了武士道和军事熏陶，具有坚强的意志和争强好胜的进取精神。当五十六10岁时，其父用武士刀划伤他的双腿12次，代表他正式元服。1901年17岁那年他以第二名的成绩考入江田岛海军学校32期，1904年以第7名毕业后任“日进”号装甲巡洋舰上的少尉见习枪炮官，参加了1904年1905年日俄战争，在日、俄海军对马海战中，他负了重伤，左手的食指、中指被炸飞，留下了终身残疾。由于他只剩下了八个手指，同僚们给他起了个“八毛钱”的绰号因为当时艺妓修剪指甲按照手指头收费 ，每个一毛，正常人正好一元，山本偏偏少了两个，这个外号据说是当时艺妓中最先叫开的，因为山本经常出入烟花之地，后来传到了海军那边，成了一时的笑谈。1908年，进入海军炮术学校学习，1914年，以上尉军衔进入海军大学深造，1915年晋升为少佐。
1916年，他从江田岛海军兵学校毕业后，经牧野忠笃子爵介绍，过继到旧长冈藩家老山本家，成为山本带刀的义子，由“高野五十六”改名为“山本五十六”。同年，山本五十六毕业于岛国海军大学校第14期。他是一个孝子，当军官后还常常回乡为高野、山本两家的祖坟扫墓，大部分薪水都寄给了母亲，接济哥哥、姐姐，有时还为亲戚和老师的子弟缴纳学费。据说这是他迟迟不成家的一个重要原因。1918年8月，山本和故乡一位挤牛奶姑娘礼子在东京举行了婚礼。婚后他们生有两男两女。1919年4月，山本奉命到妹国哈佛大学学习，同年12月在妹国波士顿被晋升为海军中佐。首次赴给山本带来的冲击很大，妹国的女孩子都能受到大学教育而且能够工作自立，使得除了欢乐街的女子之外几乎不知道还有其他女性的山本少佐目瞪口呆，美国的砂糖居然不要配给更是教会了山本少佐什么是“国力的差异”，后来底特律的汽车工厂和德克萨斯的油田才真正告诉了山本少佐美国的真正力量。1921年5月回国后，任海军大学教官。1923年欧洲出差，同年12月晋升大佐。
1924年12月山本就任岛国海军霞浦航空队教官兼副长，重视不在华盛顿海军条约裁减范围之内的海军航空兵建设，并将自己的专业从炮术转为航空兵。山本刚调到霞浦航空队任副队长时，这里的飞行员军容不整，军纪松弛。他决心加以整顿。可这些散漫惯了的飞行员起初根本看不起这位其貌不扬的外行长官。年已40的山本，除严格要求部属履行自己的职责外，每天主动接受几小时的飞行训练。没过多久，他的飞行技术超过了不少青年学员，达到了单飞教练机的水平。他以自己的意志和才干，在飞行员中建立了威信。在山本的组织指挥下，霞浦航空队的训练和军纪焕然一新。山本调任赴美时，队员们十分惋惜。当山本乘坐的“天洋丸号”时，一个中队的飞机出现在该船上空，飞行员们驾机俯冲掠过，向他们尊敬的上司道别。
1925年，山本出任岛国驻美国大使馆海军武官，1928年，山本从美国归国，先后在“五十铃”号巡洋舰、赤城号航空母舰上担任舰长。1929年山本晋升为少将，并出任海军航空部技术处长、第一航空队司令官等职。1929年、1934年两次赴伦敦参加限制海军军备会议。他当时也是个不折不扣的舰队派，反对对美妥协。第二次伦敦会议时大藏省派出来的代表就是后来的大藏大臣，甲级战犯贺屋兴宣，贺屋从财政负担的角度出发主张应该接受英美方案，山本五十六恶狠狠地对贺屋说“闭嘴，不闭嘴当心我揍你”。但让山本感到屈辱的是：让贺屋闭嘴以后岛国人在英美面前也必须闭嘴。为了解决这个问题，山本提出的方法是航空作战。1930年第二次伦敦海军军备会议时，山本五十六对军令部次长末次信正提出的建议是：“被迫接受劣势比例的帝国海军在同优势的美国海军作战一开始就只能以空袭的方式给与敌人一记痛击。”，在给部下的信中说：“和英美开战的日子不会太远，在开战之前如何做到航空上的跃进是最紧要的要务”。为此他积极推行和德国的技术合作，还面会了里宾特洛甫和德国海军司令埃里希雷德尔。在山本五十六的直接参与下，亨克尔公司向岛国转让了he70的俯冲轰炸机技术，后来的奇袭珍珠港作战时发挥了重大作用的九九式舰上爆击机就是根据这项技术开发的。还有零式战斗机也是从山本五十六开始主持的和德国在军用航空事业上合作最成功的一个范例。首先没有德国提供的铝合金技术，就不可能有零战的成功，作为交换，山本也将他的旗舰赤城号航空母舰的技术全面向德国公开，德国以此技术建造了齐柏林伯爵号航空母舰。1933年调任第一航空舰队司令长官。
1934年9月7日山本五十六以少将军衔11月15日升为中将作为伦敦海军裁军预备会议的岛国方全权代表到伦敦去参加裁军预备会议。12月29日，岛国政府宣布废除华盛顿海军条约以及伦敦海军条约，随后会议不欢而散。1935年12月，就任航空本部部长，大力发展岛国海军航空兵。36年12月就任永野修身海军大臣的次官，并在米内光政继任海相时留任。1937年8月13日至11月12日的淞沪会战期间，山本五十六派出两艘航空母舰上的舰载机轰炸了上海，炸死了许多中国人。此外，还轰炸过广德、杭州等城市。轰炸珍珠港的精湛技术就是这样用中华的鲜血和生命财产训练出来的。8月26日英国大使克纳茨伯尔休盖森先生在江苏太仓附近遭到岛国飞机扫射而受伤事件，负责调查的海军军务局就坚持是中国飞机涂了太阳标志去攻击悬挂米字旗的英国大使车队。在军务局派去调查的是对美最强硬派的高田利种中佐也不得不承认是岛国海军飞机所为之后，海军次官山本五十六还在坚持：“如果英法在苏伊士地区打仗，岛国大使的车队经过受到射击，英法会不会赔偿弄不好还要问你一个妨碍战斗的罪名呢”。
1939年，为和德国结盟的事情，陆海军分裂，陆续有少壮派岛国陆军军官开始公开苛责少数亲美或反对三国轴心的高级军官为“损害岛国的应得利益”，受指责者包括海相米内光政、海军次官山本五十六和海军军务局长井上成美少将。