就已经将门打开了。
“该死，我们本为一体，你们根本不必怕死，还不快冲上去，把那几个家伙全部杀死”史密斯大骂一声，那些本来被梦蛟杀戮手段吓到的复制体，这才清醒过来，立即追了上去。
“不用送了各位，咱们下次见吧。”叶南将尼奥推进去，然后转身嘲笑一番，将门关上，将所有的史密斯，全部都阻挡在门外。
开锁人站在一扇门前，指着前方说道：“这里就是你们的目的地，因为某些特殊的原因，我不能进去，所以请你们自己去吧。”言罢，他递上一把钥匙，直接向着另外一个方向走去，在那里同样有一扇门，那是离开这里，直接回到梅罗纹齐那的传送门，梅罗纹齐对他虽然不好，却能保证他的安全，不让母体吞噬他，这对他而言，无疑是非常重要的。
开锁人的离开，尼奥没有任何反对，谁都有追求生存的权利，这是他无法抹杀的。接过那把钥匙，他深吸一口气，对梦蛟说道，“走吧，前面就是代码之源，只要到了里面，我们就可以得到一些想要的答案。”
在锁芯里插入钥匙，将门打开，在一阵白光闪过之后，尼奥和梦蛟一起走进代码之源一个四面八方全部都是白se屏幕的地方。在代码之源，一个身穿白西装，满头白发梳理得井井有条、精神抖擞的老者转过身来，他就是矩阵之父，也就是母体设计师，机械城的主人，机械帝国的统治者。
“我是矩阵之父，但是我更喜欢别人叫我设计师。”设计师见到梦蛟和尼奥一起进来，丝毫没有觉得意外，微笑着招呼起来，“救世主尼奥和一个神秘的，连我都查不出真实身份的男人。”
梦蛟微微一笑，并不反驳，而是任由对方把目光，转移到尼奥的身上，“怎么样，尼奥，你在进入哪个门的时候，应该就已经接收到了一些信息，是与我融合，还是任由我毁灭锡安对我们机械人来说，毁灭锡安并不困难，那简直就是易如反掌的事情，就像是前面两次将之毁灭一样。”
“你两次毁灭锡安，可每一次都任由一部分人类逃走，在他们发展壮大以后，就重新开始新一轮的战斗，你的目地并不单纯是为了毁灭，而是为了推动机械帝国的科技发展，你需要人类的灵感来帮助你完成科学的突破。”尼奥目光清冷，在刚才他的脑中直接灌入无数信息，这让他有种晕眩的感觉，哪怕有念力支持，很快就理清思路，他依然有些难以接受。
“你说的没错，为了让人类能够为我所用，我一直在持续着毁灭与放任这种矛盾的态度，并且制造了机械和人类的对抗，让战争来催化科技的诞生，不得不承认，上帝对于你们人类，实在是太偏爱了，不管我们程序人的推演能力多么强大，都无法找寻到灵光。”如果失去人类，我们的科技就不会进步。但是这不会成为你威胁我的理由，因为没有人类，继续抓一批就行了，机械的生命，是永恒的。”
“但是你如果杀光了人类，单是培养一批有独立性格的人，就要耗费数十乃至上百年，你有那么好的耐心等待吗”尼奥的眼神闪烁，梦蛟站在旁边，对他们的话一知半解。他对剧情了解不全面，所以很多事情都不完全清楚，不过想到主线任务，他直接打出一拳，汹涌的劲气，从砂锅大小的拳头中冲出，弥漫整个空间，管你说的再有道理，我自一拳打破。以力破局在有时候，也未尝不是一个好办法
“不事情不该这样的伟大如我，怎么可能死在这虚拟的世界里面”
梦蛟傻傻的站在那，听着主神提示。自己自己成功击杀设计师，得到五万奖励点和一个s级支线剧情，眼睛都快瞪出来了
说起来，倒也怪不得梦蛟。他本来是打算。用自己强大的力量，把这个地方完全毁灭，这样设计师对矩阵世界的掌控。就会消弱到一个极点，可他怎么都没想到，设计师居然会自大到生出，认为事情已经完全被自己掌控，尼奥他们绝不敢跟自己动手的想法，并没有用幻影，而是直接以精神凝聚身体，好迎接自己新的进化，只可惜，梦蛟完全没有按照常理出牌，一拳下去，他的精神破灭，那么他外面的自然也就死了，一个操纵伟大机械帝国，掌控万千人生死的存在，那么戏剧性的陨落，怕是谁都没办法想到。
“糟了，这下事情可坏了”见到设计师死亡，尼奥眼中先是一喜，继而立刻就变得愁眉不展起来，似乎看出了梦蛟的疑惑，他苦笑着解释道，“设计师更不是纯粹的人类，而是在天网完全掌控矩阵世界后，为自己塑造的一具人类的身体，它将一分为三，一份为设计师，坐镇矩阵世界，在无聊的时候，可以用人类的身体在外界行走，不过他的精力有限，并不能时时刻刻关注这个世界，所以天网就分出另一部分，为呆板的母体程序，来作为日常运转的掌控者，至于最后一部分，是现实中，掌握机械大军的智能程序，它为自己起名为机械大帝，意为自己将成为机械人中，最伟大的帝王，你破坏了这里，就等于是杀死了设计师，毁灭了母体的心脏，再过不久，这个世界就会因为失去控制，而彻底崩溃，机械大帝在收到消息后，只怕会愤怒的毁灭所有人类”请勿与原剧情对号入座，为了推动剧情，不可能跟原剧情一样，偏差在所难免。
“收到消息你不是说它们是三位一体吗”梦蛟眉头微微皱起，他并没有听懂主线任务二完成的通知，显然在这个世界彻底崩溃前，任务都不算完成，不过最让他疑惑的，还是尼奥这没头没尾的话，既然是三位一体，那在母体和设计师死亡时，那个所谓的机械大帝，就应该知道才对，看样子，它们之间的关系，似乎也并不多融洽啊。
“再好的关系，也会有间隙，哪怕从前是一体，在拥有了智慧之后，他们也会有自己的心思，不过毕竟是一体，所以哪怕机械大帝再迟钝，最晚一天之后，它也会发现问题，所以这点时间，我们必须得想个办法，把锡安的人全都转移走，一个暴怒的机械帝王，怕是再也不会顾及人类的生死，一旦机械大军压上，那么锡安怕是会在顷刻之间被毁灭，所有人都会死亡。”尼奥沉声说着，就要向外走去，“好了，不要耽误时间了，崔尼蒂因该在中转站，我们快去接她回去吧。”
相比较锡安的大局，尼奥更在意崔尼蒂的安危，毕竟他不是圣人，在锡安的日子也就那么短短半天，你能指望一个见过一面的路人，为了你不顾自己的情侣，冲去跟敌人拼死搏杀吗不可能哪怕就是再有圣母性格的人，也不可能做这种事情，墨菲斯是因为他们在锡安待的时间长久，已经习惯了，可这并不代表尼奥也如此。
两人走出闪烁着朦胧光晕的大门，再度回到外面的房间中。对面那扇紧闭的大门，已经不在响动，可能是史密斯的复制体见自己进不来，已经先一步离开，也可能是他们依然在等待机会。不过这跟梦蛟他们没有半点关系，因为他们要走的，是另外一条路，那条开锁人离开的门，据说它可以直通梅罗纹齐的老巢，那个被他视为最后休养地的中转站，亦是不必吞服药丸，就能回归现实的地方。
嘭大门关闭，两道身影也消失在房间中，无数肉眼难辨的黑线。从母体所在的房间中溢出，不断侵蚀着外界，使得虚幻的世界，慢慢的变得更加虚无，一天，最多一天，这个世界就会因为母体的消亡，而彻底崩溃