通政司、鸿胪寺、太常寺、太仆寺、大理寺以及其他不必要的地方衙门。其后慈禧发动政变囚禁了光绪之后，将这些衙门恢复了，而此时张之洞再一次提出裁撤一部分衙门，如负责教导太子的詹事府。光绪没有孩子，自然也没有太子，留着服侍太子的詹事府一群人吃闲饭作甚，詹事府首先被裁撤。
此外，负责皇帝饮食的光禄寺，负责番邦朝贡的鸿胪寺，负责宫内音乐的太常寺，长官宫内车马的太仆寺均被裁撤。
而通政司与大理寺这两个曾经被光绪下令除去又被慈禧恢复的衙门，在张之洞的主持下依旧保留下来。
通政司的作用是各地御史向皇帝秘密情报的部门，其实这个部门也没有什么作用，因为皇帝从来不会从通政司听取弹劾资料，这个部门设立的意义大于作用。至于大理寺一直以来都是朝廷审判犯罪官员的最高行政部门，相当于清代的最高人民法院，光绪皇帝不知为何当年要裁撤这个部门，大概是觉得大理寺没什么作用，朝廷罚谁还是要听皇帝和太后的。
张之洞比光绪老道得多，这两个衙门虽然作用不大，可意义重大，失去这两个衙门对朝廷影响太甚，因此保留下来。
由于裁撤不少衙门，导致许多满清官员丢了官，北京城内怨气非常大。慈禧当初之所以拒绝裁撤这几个无用的衙门的原因之一就是他们是八旗贵族一些酒囊饭袋和年老昏庸的人养老领俸禄的地方，这些人做事不行，捣乱有一套，要么跪在祖宗皇陵面前哭爹喊娘求爷爷告奶奶，要么跪在皇城脚下哭喊着咱们满人的江山让汉人给占去了云云。
不过当三个汉人宰相实际拥有了权力之后，再裁撤衙门，反倒没有人去求爷爷告奶奶了，一个个老老实实地躲在府内谨慎地看着天下局势到底该怎么走。裁撤衙门之后虽然在旗人贵族上引起了不小的抱怨声，甚至这些抱怨声也或多或少的传到了曹跃的耳朵里，有人也求到蓝祺儿格格跟前，豫亲王本格就求着蓝祺儿说让她劝一劝曹跃，反对突然裁撤这么多衙门。蓝祺儿冷冷地说：“庸碌之士，不配居于庙堂。”断然拒绝了豫亲王等人的恳求，众亲王们暗中责骂蓝祺儿是旗人的叛徒，又大骂曹跃是。
如果皇太后当政，那该多好啊，她一定会偏向着我们的。贵族们此时好像是一个小孩子一样，爸爸在的时候哭诉要这个要哪个，爸爸不在了立即老实了。
张之洞也没有想到裁撤衙门的改革如此顺利，但老谋深算的他也才想到了，所以他请曹跃喝酒的时候主动举杯敬酒说：“百川，别看你年纪小，但你做了我们这些老人的靠山啊。”
曹跃微微笑了起来，张之洞的话让他很是骄傲。
经过张之洞的一番改革，朝廷内外焕然一新，一些旧气渐渐一扫而空。
第四百五十四章 新政改革二
接下来张之洞将改革的目标放在了科举考试之上，此时有人提出废除科举考试，改动西方的制度，并提出一个期限，什么四年计划来。向张之洞提出建议的正是康有为，通过文廷式的关系，康有为再一次见到了张之洞，并将自己在日本所见所谓结合西方的文化制度，劝说张之洞万勿继续任由科举考试荼毒中国读书人了。
科举考试能得到什么人才
除了死读书的人，就是四体不勤五谷不分的书生，天下之间有多少读书人就是被科举考试害得不成样子，反观西方国家，用学校教育取代科举考试，人才辈出，就连日本也大力推行文化教育，日本的几所大学为日本提供了大量的专业人才。
其实康有为提议废除科举考试的目的是好的，可他提出的四年计划就有一点急切了，张之洞将四年计划改为了六年计划。当张之洞将六年之后取缔科举考试的奏折交个光绪之后，光绪还没反对，曹跃却最先不干了。
曹跃绝不同意此时取缔科举考试，在中国延续了上千年的科举考试，六年时间就能够取代吗曹跃立即要求劝说张之洞千万不要提出取缔科举考试，这条奏折如果被天下士子知道，不知有多少人会骂他。
张之洞经过慎重考虑之后，觉得曹跃说的有道理，洋为中用不假，但改革且不可如此急切。
当李鸿章得知取缔科举考试的奏折之后，冷笑着说：“张香涛除非是不想做官了，居然敢取缔科举，天下士子骂死他不可。”
不过因为曹跃的阻止，张之洞避免成为天下清流口诛笔伐的对象，却也因为曹跃的阻止，导致康有为等人对他极为憎恨。
曹跃的建议是，科举可以改革，但不能取缔，天下的读书人想要做官的理想，如果一旦被打破，读书人心中的怒火就会喷发出来，谁砰这个谁死。
张之洞觉得曹跃在科举改革之上的想法有点可笑，你又不是读书人，你有没有读过几天书，居然还想影响科举改革。倒是他手下幕僚梁鼎芬说：“曹中堂虽然书读的少，但是见识不小，且他若是一力阻止科举改革，大人的改革也完成不了。所以还是听一听曹中堂的建议，就算是错了，也有反驳的理由。”
张之洞一想也是，谁让曹跃归位军机首辅大臣呢，于是征求曹跃关于科举改革的意见。
曹跃提出了几条关于科举改革的意见，第一，科举原本考策论和八股，应该再增加两项，第一项是体育，一改过去文弱书生的形象，要求读书人有一个健康的体魄，而不是弱不经分的小白脸模样。第二项是杂学，读书人要上知天文地理下知格致农艺，以免被人认为读书人都是四体不勤五谷不分的废物。
张之洞略有一些意外，曹跃提出的这两点改革确实是出乎所有人的预料，如果按照这样的改革方式，恐怕未来考试更难以点取了吧。
曹跃对他说取士的方式，按照分数来取士，例如八股文的满分是150分，体育的考试是75分，杂学的考试是75分，这样总分300分，按照分数来取士，发榜的时候按照分数发榜，公平公正，免得每一次科举考试都有人非议说谁谁谁买通了考官云云。
张之洞与礼部官员商议之后，又开始广泛征集士绅们的意见，对于科举考试来说，改革总比取缔要强得多，如果苦学二十年的科举考试取缔，那么将有多少士子不甘心。与慈禧主持的一刀切取缔科举相比，对科举的改革显然更能让人接受一些，然而此举还是获得了不少批评。
支持新政者认为此举太过于因循守旧，远远达不到西方化现代化，改革不彻底，反对者认为此举破坏了中华上千年的考试传统，不遵从祖宗家法，势必会导致国家动荡。
御史们也不甘寂寞，纷纷上表建议，朝廷里关于科举形成三大大派，一派是支持科举改革，另一派是支持完全取缔科举改革，第三派则是反对科举改革。但随着讨论的越来越深入，反对科举改革者渐渐减少，毕竟从东西方对比来看，科举制度产生的人才弊端逐渐显露，许多有识之士都意识到东方教育对于科学的轻视给国家带来的落后。这不是哪一个朝代的责任，而是科举制度的确是一种落后于世界的选拔贤才方式。重视文科且专注于八股考试，让许多才子成为了考试工具，长久以来对科学的轻视使得科学研究者被人们广泛斥为异端和不务正业。发展上千年之后，唐宋元明清五朝的科学家们反倒不如春秋战国时期受到重视，所以科举在某些方面也扼杀了中国科技的进步。
关于科举考试，在全国上下形成了一番大讨论，各个地方也在进行大讨论，其中争辩最激烈的地方省份便是湖南与湖北，这两省在清末开始人才辈出，远超传统士子辈出省份浙江与江西，且湖南湖北士子依托着各个派系逐渐成为影响朝廷的新势力。