指挥部，由他亲自坐镇。然后他把关白之职交给了那个日后的杀生关白秀次以备不测。在将领和军队的配备方面，秀吉共调动了五十万人，其中三十万用于作战，十五万人是先遣队。先遣队分为八个军，宇喜多秀家为总司令官，小西行长率第一军，加藤清正率第二军，黑田长政率第三军，同时还有九鬼嘉隆的四万水军和七百艘舰船。另外还有德川家康、前田利家、上衫景胜、蒲生氏乡、伊达正宗统帅的十万人马驻在名护屋做为预备队。一时间是“群贤毕至，少长咸集”，可以说是日本当时的最豪华阵容。而在战略上，日军采用的是德川家康的提案，确定了“陆海并进”、“以强凌弱”、“速战速决”的战法；以水军保证陆军的战略物资供应，陆军分三路齐头并进，一举占领朝鲜。在一切工作准备就绪后，丰臣秀吉借口朝鲜拒绝攻明，于1592年4月正式开始了侵略朝鲜的战争。
日军以小西行长、加藤清正为先锋，统率十多万军队，上千艘战船，偷渡对马海峡，第一批部队18万人分乘350艘舰船，于1592年5月25日在釜山登陆。数量不多的釜山守军和居民进行了顽强的抵抗，但因众寡悬殊，城市终为日本人攻占。小西行长首先在釜山登陆成功后，在南部沿海登陆的由加藤清正率领的第二批部队22万人经庆州、熊川和新宁数城向北推进。几乎与此同时，第三批部队11万人在洛东江口登陆，占领了清元城，并向春川山口推进。在这几批部队登陆之后，日本将主力8万人和其余舰队全都调往朝鲜。
此时庆尚道的朝鲜水军则彻底被九鬼嘉隆所败，右水使元均竟船舰，根本无法配合陆军阻止敌人登陆。结果小西行长轻而易举地拿下了东莱城。然后整个先遣队按照计划分成三路：小西行长猛进密阳，直指忠州；加藤清正则攻打彦阳、蔚山，企图在忠州同小西行长会师，进而直逼京城汉城。黑田长政则越过秋风岭北上，以策应友军。于此同时，日军水军则攻占了庆尚、全罗、忠清等道的沿岸地区。
对此朝鲜大惊失色，但是朝鲜封建统治集团由于朋党之争，对侵略者无力组织抵抗。数量不多的政府军接连失利。日本人击溃了朝鲜的一支8000人的部队的抗击，夺取了全宁山口。此时小西行长和加藤清正已经会师，以大军团开始强攻忠州，日军娴熟的攻城技巧令朝军防不胜防，第二天就被攻破了城池，忠州一失，汉城京城实际上已经没有防御力了。日军迅速逼近汉城京城。朝鲜有些地方官吏弃地而逃，国王李昖惊慌失措，仓皇放弃首都，先奔平壤，继而逃往鸭绿江边的义州。7月初，日本人兵不血刃占领王京汉城，此时距日军登陆仅仅过了二十天。
同日本陆军的接连胜利相反，日本水军却是连连受挫，因为他们所面对的是全罗道的水军节度使李舜臣。此人弓马娴熟，精通兵法，尤其水战方面更是不世出的天才。4月20日，他就调动全道的水军赶往庆尚道去重新编组被击溃了的庆尚水军。根据敌强我弱的形势出海做游击战，以便寻找有利时机。5月7日，在玉埔海面突然袭击了停泊在这的日军50艘舰艇，共击沉了26艘，其后在追击到永登浦时又破坏了5艘。紧接着李舜臣第二天在赤珍浦偷袭了日军的补给船队，又击沉13艘。而朝鲜水军方面却仅仅一人轻伤而已，这种战果令戎马一生的秀吉也无话可说。朝鲜水军的巨大胜利，打乱了日本侵略者水陆并进的作战计划，陆军的补给开始出现危机。
日本入侵前，朝鲜水军共有4支独立舰队，其中有两支在战争刚一开始就损失了。只有李舜臣统辖的有85艘战舰的舰队，在陆军的支援下抗击日本舰队，李舜臣长于战略，吸取朝鲜水军的传统经验，在旧有战舰的基础上，发明了“龟船”战舰。龟船外包铁板，不易被重炮击伤；周身插满锥刀，使敌人不敢攀登上船。仓内备置火炮，可以随时射击，喷出火焰。龟船形制轻巧，行动敏捷，可以出入敌舰阵内，在打击日军的海战中，发挥了很大的作用。
5月29日，李舜臣的舰队开到泅川附近的露梁海面，遇到了龟井兹矩率领的12艘日舰。龟井因为惧怕李舜臣的威名，弃船登山，在陆地上摆开半月长蛇阵。适逢退潮，对朝鲜水军不利。于是朝鲜水军假装撤退，等到日军前来追讨之际，突然全舰队反转，以龟船强大的火力一举歼灭大部分敌军。之后舰队继续向东前进，于6月2日在唐浦港追上了正在劫掠发泄的龟井兹矩。李舜臣借龟船的高机动力先行击沉龟井的指挥舰，然后向敌人两翼包抄，从四面攻击已经失去指挥的日水军。是役龟井战死，21艘楼船被灭。随后6月5日和6月7日又连破日军的补给舰队。至此秀吉的主力舰队183黑岛舰队被催毁，制海权完全掌握在了朝鲜手中。
而此时的日本陆军在占领汉城以后兵分两路，继续向西北和东北进攻，小西行长过开城向平安道进发，加藤清正攻打咸镜道。在临津江一带遇到朝鲜军队的坚固防御而受阻。日军使出军事计谋，佯装撤退，将朝鲜军诱出工事，接着进行反冲击将其击败。日军占领了开城和平壤。到此距日军釜山登陆不到两个月，就已经控制了除平壤以北，全罗道沿海外的全部朝鲜半岛。朝鲜国土大部分沦丧。
日军所到之处，焚烧劫掠，仅晋州一地，军民被屠杀者6万人。朝鲜人民在非占领区普遍组织了人民义勇军“义兵”“正义之师”，开展了游击战争；突袭敌人的要塞和兵营，特别是在夜间，隐蔽潜入敌宿营地进行骚扰；进行防御战斗；烧毁粮秣仓库和破坏敌人的交通线。在围攻要塞和城市时，朝鲜人组织了特别突击队，并使用了“飞击震天雷”，以杀伤敌有生力量。为援助被日本围困在要塞里的守卫部队，朝鲜人经常对敌人的后方进行出其不意的引诱性突击，阻击敌军。
朝鲜国王李昖在爱国朝臣和军民抗倭热潮的推动下，遣使向明朝告急，要求出兵援助。明朝廷认为“倭寇之图朝鲜，意实在中国，而我兵之救朝鲜实所以保中国”。如若再纵容日本侵吞朝鲜，那后果不堪设想。故决定援朝抗倭。同年1592年七月，明朝派先锋戴朝弃、史儒率兵20000出征，副总兵祖承训、游击王守官带大部队继后进入朝鲜。
为了及时补给陆军给养，九鬼嘉隆又派出了三路舰队侵朝，同李舜臣舰队在闲山岛前展开决战。闲山岛水深，利于朝军，一开始朝军就利用小规模攻势诱使日军进入包围圈中，待日军全部进入后，隐藏在闲山岛北的朝军主力立刻摆开了鹤翼阵，同时从正面和侧面击溃了日军。击破了59艘敌舰、数千日军，史称闲山岛大捷。这是被写入马汉海权论里的著名战例。之后李舜臣又在安骨浦完全消灭敌残余部队。