只是让吴可和张亮基头疼不已的是，贵州苗民在黄飘大胜两广清军来犯人马，这对于云贵两省以及两广清军没多大妨碍，可是苗军的胜利却鼓舞了云南回民起义军的士气，就在贵州境内战火连天的当口云南也跟着大乱起来。
云南地处西南边疆，境内多山，土地瘠薄，各族百姓在满清地方官吏、土司头人和地主豪强的重重剥削压迫下，生活异常困苦。
朝廷每年向云南征收赋税达白银四十万四千二百两以上，各级地方政府的费用和官吏的“养廉”以及巧立名目的苛捐杂税，随征科派。第一次鸦，片战争失败后的赔款，也分摊到云南各族百姓头上，使其负担越来越重。
朝廷为了弹压云南百姓的反抗，在云南驻有绿营兵近四万人，每年所需俸饷及军械弹药、恤赏等费甚巨，其中半数以上由地丁银中支取，余由江南各省的协饷银补给。
太平天国起义后，江南各省自顾不暇，断绝了协饷银的来源，于是云南地方当局进一步横征暴敛。“军费不足，则加赋税；赋税不足，则抽厘金；厘金不足，则逼捐输”。各地团练更是“任意科敛，弊窦丛生”。
由此，本就生活于水生火热中的云南各族百姓遭受残酷的压迫剥削，被迫起而反抗，以致“聚众抗粮”、“闭门拒赋”的现象时有发生。
为转移云南各族百姓的反抗斗争目标，当地官府以及地主豪强不断挑起辖内民族，矛盾和民族纠纷。
云南是多民族的省份之一，治内有汉、回、彝、白、哈尼、壮、傣、苗、景颇等几十个民族。除汉、回两族外，地方官府对其他民族统称之为“夷”，而回族人数约占全省人口的十分之一二。
由于地方官府以及地主豪强的挑拨离间，回族和汉族之间不断发生纠纷。早在嘉庆初年，就因回汉上层豪强争夺厂矿利益，开始发生仇杀。道光朝以后回汉之间的矛盾越来越大，械斗和仇杀的次数越来越多，并有愈演愈烈之势。
这种情况，使得云南的阶级矛盾和民族，矛盾错综复杂地交织在一起。
1855年咸丰五年冬，云南临安府治今建水的汉族地主恶霸和楚雄府治今楚雄回民为了争夺楚雄府南安州治今楚雄南石羊厂银矿，发生激烈纠纷。
楚雄府知府崔治中等地方官吏乘机施展“暗中挑拨，意在两伤，借邀功利”的伎俩，“见临人按：即临安府汉人势强，则召临人杀回人；见回人势强，又使回人以杀临人”，导致事态扩大矛盾激化，从争吵发展到回汉械斗。
在当地官府的不懈努力下，事态最终失控，由械斗引发成当地回汉两族百姓的大乱斗，之后事情越演越烈等到官府察觉部不对，心生害怕想要控制事态继续发酵之时已经晚了，当地灰百姓积累的怨气由械斗龈爆，然后变成了波及范围甚广的大骚乱
第658章云南故事
1856年春，临安汉族恶霸煽动汉人入南安州和楚雄府城捕杀回民，“老弱鲜得免者”，楚雄府的汉族官绅也残暴地屠杀回民。临安汉族恶霸等在广通今禄丰县广通镇、罗川今禄丰县西南、禄丰等地逞凶之后，拟前往省城昆明屠杀回民，回众起而自卫。
新兴今玉溪回民首领马凌汉率回民千余，在距昆明二十里的小板桥，将临安汉人恶霸打败。这本来是正当的自卫行动，却被当地官府指责为“纠众谋逆”、“阴谋作乱”。云南巡抚舒兴阿和团练大臣黄琮竟“饬各府厅州县聚团杀回”，署布政使清盛也下达了对昆明回民“格杀勿论”的命令。
云南官府高层策划的对云南回民的野蛮屠杀，终于迫使回民百姓走上武装叛乱的道路。同年6月姚州今姚安回民首先起事，7月即攻占州城，随后各地回民相继响应。
在滇西，杜文秀起于蒙化今巍山，蔡法春起于顺宁今凤庆，杨荣、虎应龙起于鹤庆、丽江；在滇南，马德新字复初起于新兴，马如龙起于临安北面的曲江，马凌汉、杨振鹏起于昆阳今晋宁，徐元吉起于澂江今澄江；在滇东，马联升起于曲靖，马荣起于寻甸。回民武装叛乱的烽火遍及云南全境。
与此同时，汉族和彝、哈尼、白、壮等各民族底层百姓也纷纷跟进。
哀牢山区李文学领导的彝族百姓武装叛乱队伍，一开始就同杜文秀领导的回民起义军并肩战斗。其他起义队伍也或者单独作战，或者与回民起义军彼此支援，相互配合，有的则直接参加了回民起义的行列。
这时，虽然各地民族仇杀事件在不少地区仍不同程度地存在着，但是以杜文秀为代表的各族底层百姓，通过斗争实践逐步认识到官府和地主武装团练才是回汉仇杀的真正罪魁祸首，是各族百姓共同的敌人，从而摒弃民族相仇的偏见，走上了共同反对朝廷的武装斗争道路。
以回民为主体的云南各族百姓发起的武装叛乱，极大地震动了朝廷。
咸丰帝闻讯勃然大怒，立即令正在贵州镇压当地苗民起义的云贵总督恒春折回云南，“痛加剿洗”。但自太平天国起义以来，朝廷不断征调各省清兵赴江南镇压太平军，云南防军也“半经外调”，所剩清军不敷派遣，顾此失彼。回民叛乱武装正是趁此有利时机，迅速发展力量开展与地方清军的斗争。
滇东、滇南各族百姓揭杆而起之初，组织比较分散没有统一号令以及明确目标。曲靖、临安、东川治今会泽、开化治今文山等府和广西州治今泸西的许多小股起义军武装，各自为战先是击败了前来“围剿”的清军和地主团练武装，进而主动进攻，围攻清军盘踞的城市。
滇东回民武装起义军轻松控制平彝今富源至嵩明之间的大道，徐元吉部回民军则占据了接近省城昆明的澂江府城。随着战争的延续和发展，各地起义军力量不断壮大，并逐渐从互相支援发展到联合行动。
1857年夏，马如龙、马德新、徐元吉等率领滇东、滇南回民起义军两万人，经晋宁今昆明市晋城、呈贡向昆明进发。当时昆明城中清军很少，团练因无人督率纷纷溃散。
云贵总督、云南巡抚和团练大臣等束手无策，只得紧闭四门等待援军。7月12日回民起义军占据距城仅五里的江右馆为大营，分据大树营、王家桥、堡基、马街子、碧鸡关、红庙、西坝等村寨，随即发动对省城的围攻。
清军被打了个措手不及，城内粮源断绝战守无兵，云贵总督恒春无计可施自缢而死；巡抚舒兴阿也“引疾乞假”，藏匿家中。
其时，朝廷正忙于镇压太平天国起义，无力顾及云南，只得调四川总督吴振棫为云贵总督，带川兵二千名赴任。
吴振棫慑于回民起义军的声威，一面奏请朝廷将“主剿”回民的团练大臣黃琮、窦垿革职，以麻痹回民的反抗意志，一面召请在外省任职的云南籍回族官员回滇，以拉拢和收买回民起义军首领。
滇东、滇南起义军的主要领导人马德新和马如龙都是回族上层人物马德新是云南回民的总掌教，马如龙则是出身于官宦之家的清朝武生，他们公开声明，起兵“止欲报仇，不敢为逆”，只要当局惩办“倡首灭回者，以服众心，即行解散”。