加宠眷，也不过是继续做学士以改革后尚书省的权力来说，一个翰林学士又岂能主导变法的进程他吕吉甫自然顺理成章可以唱回主角。待这案件澄清之日，尚书省众相早已各安其位，若无大过，岂好轻易罢免要任用家兄，岂码也要两三年之后到时众多的预备措施，说不定吕吉甫稍加改变就会加以施行，将名望与功绩全部揽到自己身上，若有成效，两三年后他已地位巩固，牢不可破；若无成效，自然于大哥身上也没什么光彩。”
秦观听到唐康娓娓而谈，背脊上冷飕飕的寒气直往上蹿。他万万想不到，一桩看起来愚不可及、简单明了的陷害案，能够被人发挥到可能影响到朝局的地步“这些勾心斗角”秦观游顾四周诸人，心中冒出一股凉意，“吕惠卿的聪明才智，用来争权夺利，已是如此可怕；幸好石越和这些人还有着为国为民之心”他完全不敢想象下去了。
唐康却没有去在意秦观，只喃喃道：“皇上大怒，是因为皇上已经意识到了这一点。皇上既说了要提前改革官制，话不能收回；可偏偏出了这样的事情”
“如今之计，是要赶快澄清这件事情纯粹是诬陷。只要澄清此事，镇压交趾，学士有建策之功，到时候大加宣扬升龙府盟约的文治武功，朝廷便可以借此声势，将官制改革顺顺利利的推行下去。并且可以借此机会，逐步开始进行军事改革”潘照临笑道。
一直默不作声的陈良早已听到惊心动魄，这时听潘照临如此说，不由精神一振，笑道：“这只是大道之前的小坎”
“这是许多大坎前面的小坎。”石越看了他一眼，淡淡笑道。
但这个小坎也不是那么好过的。按先前确定的方针，皇帝将在四月廿五日公布官制改革中的大部分内容；五月一日大朝会，公布中央政府三品以上官员的任命，同时下令增建“海船水军”，建设港口，增设市舶司，并诏令新任太府寺卿厘定新的“市舶务敕令”草稿。不出意外，皇帝还会在这一天正式宣布对交趾的武功，嘉奖有功人员五月一日那一天，石越究竟是太府寺卿兼参知政事，还是依然做翰林学士，很大程度上便取决于短短七天之内，石越有没有可能澄清自己。
正如石越等人所料，变法并没有因为“石珍案”而停住脚步。
四月廿四日，赵顼在崇政殿召见两府、学士院、御史台的大臣，最后一次确立官制之细节。讨论从早晨持续到晚上。每个部门每个职位都进行再一次审核。
次日朝会，赵顼向天下颁布熙宁八年新官制第一敕，烦琐复杂的官制改革，正式开始。“朕要在今岁之内，结束官制改革之过渡期”皇帝以威严的语气，向庞大的官僚机构展现他的决心。这是对一个庞大官僚体系进行的外科手术。
赵顼首先做的，是稳定人心，满朝的臣子都在关心着新官制推行后自己的官位。禁中右掖门东面，原本是中书门下省在东面，枢密院在西面，两府遥遥相对，称为“东西二府”。赵顼以非常的效率与果断，将中书门下的官衙改称“尚书省”，迅速任命了尚书左右丞以下的官员，让几位宰相暂时保留原有的职务与官名，搭起尚书省的架子。然后将中书、门下二省迁到尚书省北面紧挨着文德殿的几个院子中；将枢密院北面的院子，划归门下后省，任命了门下后省的官员。在大宋少有的雷厉风行的作风之下，不过两天时间，中枢机构就可以基本上维持运作了。
几乎同时，赵顼又诏令以冯京为权吏部尚书，简拔刚回京的范纯仁为权吏部左侍郎，以翰林学士韩维为权吏部右侍郎。令三人以原中书门下堂官、审官院等机构官员为基础，选择在京官吏，经尚书省、门下后省同意后，即颁布任命，在宣德门外御街东侧的官衙中建立起吏部。
仅仅三天时间，官制改革的核心机构，便已全部粗具规模。
然后，尚书省与吏部在赵顼的督促下，颁布了“以阶易官”的转换表，废除原有文散官，将所有文官旧的寄禄官一律按规定改换成新的散官。并同时向天下官员颁布诏令，宣布此次改革，暂时只涉及文官；勋爵、祠禄官、贴职等等暂不涉及；地方官员差遣亦暂时不变；中央机构职事官未接到新任命之前，照常处理事务，直到接受新任命或与新委任官员办好移交为止。为了严防作弊请托，皇帝更是断然下令，在此期间，所有批文往来必须有清楚的记录，否则罢官夺告身，永不叙用。尚书省、门下后省、吏部，包括拟诏的学士院、舍人院所有官员一律住进官衙，由皇城司派兵吏锁院，禁止无诏外出。尚书省、吏部召见新任官员，皆须有第三人在场。
在如此严厉的措施之下，身为翰林学士的石越，与身为参知政事的吕惠卿，全部都困在了禁中。石越万万想不到，当初自己给皇帝的建议，竟成了捆住自己的一根绳子，眼前的困境，也只能指望外头的幕僚们了。
皇帝是如此重视这次改革，凡五品以上的职事官，也就是诸部各司郎中以上官员的任命，皇帝都要亲自过目，并一一接见。在此期间，石越一直陪在皇帝身边，向皇帝介绍这些官员的能力与声誉，向皇帝提供自己的意见。这是一个让无数人羡慕的美差。但在迩英殿一天站上九个时辰，中间连吃饭都不敢放肆，无论什么样的美差，同时也必然变成一种苦差。
所以，当子时的钟声响起，石越拖着沉重的双腿回到学士院后，一向习惯自己照顾自己的石越，也没能抵制住眼前的诱惑他听之任之的让皇帝特意分配来照顾自己的太监脱掉了自己的靴子，伸进温热的清水中让一个太监给自己洗脚，的确是一种奇特的体验石越没有忘记在心里讽刺着自己。他看了那个太监一眼，见他年纪轻轻，长得白净高大，竟有几分英俊，却不知为何来做这种贱役，当下竟忍不住问道：“你叫什么名字”
那个内侍连忙尖着嗓子答道：“回学士，小人叫童贯。”
石越早已疲惫得迷迷糊糊，一时也没有听清，反问道：“童贯这个名字好熟，我以前见过你么”
童贯谄笑道：“小人进宫不久，还是第一次有幸见到学士。”
“哦。”石越正要闭目养神，忽的灵光一闪，双脚一个哆嗦，腿一伸，竟把水盆蹬得老远，热水流了一地，“童贯”他倦意全无，瞪大了眼睛，上下打量着这个年轻人，不可思议地问道：“你就是童贯”童贯被他问得莫名其妙，还以为什么地方没有服侍周到，忙不迭地道：“学士息怒，学士息怒。”
但饶是石越如今已是“见多识广”，王安石、司马光、苏轼、蔡京什么各式各样的人都见过了，但一个直接造成北宋亡国的大奸宦，忽然出现在自己身边，替自己洗脚，自己还浑浑噩噩的没有反应过来这实在不能不说是一件极其刁诡的事情。看着眼前的这个家伙，想着他的种种“劣迹”，石越竟是呆住了。半晌，他才哑然失笑，“管他是不是童贯，现在他又能有什么本事为恶”但心里却毕竟有着一种偏见，当下只冷冷说道：“方才水太凉了，去换盆水吧。”
“小人立即去换。”童贯连忙答应着，谄笑着捡起盆子，轻轻退了出去。