没有回到现实世界就直接就消失在了机械公敌的世界之内。
再次出现的申若愚直接出现在了一个漆黑的地方。在他的上方是厚实的如同黑色钢板一般的云层，在地面之上除了一些怪异的植物之外，只剩一片荒凉，而在很远的地方，一座巨大的金属城市在这片漆黑中显得那么冰冷和突兀，无数高大得仿佛一颗颗圣诞树一般的奇怪建筑遍布在城市的每一个角落，天空中时不时的还有一些怪异的，显得很科幻的飞行器划过天空，银亮的探照灯划破了漆黑的天空，整体看上去宛如末世一般
没错，这里就是黑客帝国的世界，这个世界的那个机械大帝就是申若愚的目标，不过既然来到了这个世界，怎么能够不去到大名鼎鼎的母体之内游玩一番呢要知道这种完全真实模拟环境的科技，即使是申若愚也很难做到呢要不怎么说每一个文明都有其特长之处呢
若是论战斗力一百个机械大帝或者说母体也不可能是申若愚的对手，但是这种几乎能完整模拟一个世界的技术却远远地走在了申若愚的前面。
只是这个世界里想要进入母体似乎需要在神经端做一个接口，这可不是申若愚需要的，虽然最后回去的时候可以完全完美的修复过来，但是申若愚也不想受这样的罪，最后科学家无法之下替他设计了一部无线接受的专用“游戏仓”，这才算是完成了申若愚的交代。
拿到这部“游戏仓”的时候已经足足过了三天的时间，在这三天里，申若愚几乎走遍了整个地球，他没有发现任何人类生存的迹象，但是却幸运的找到了一些曾经的文字资料和一些电子储存设备，通过各种推测以及智脑的还原，他大致上已经明白了这个世界的形成原因，说来叫他感到十分的震惊，原来这个世界竟然和他曾经看过的一部系列电影竟然是同一个世界，这种情况叫他感到十分的有趣，因为在电影中并没有提到过这件事情。
所以就连他自己也没有想到，这两个系列的电影所形成的世界竟然会是同一个世界没错，这个黑客帝国世界就是终结者系列电影的后续
在终结者中，末日还是如期来到，人类的反抗最终还是失败了，人类因为绝望释放了所有的核弹想要和机器人同归于尽，但是最终天网依靠它隐藏在大洋深处的后备硬件系统还是活了下来，而人类却几乎全部灭绝，可是因为资源的枯竭以及太阳被厚厚的云层遮挡住，母体，也就是曾经的天网为了解决能源问题和缺乏创造性这个缺点，它依靠它强大的计算能力设计出了依靠人类本身产生的生物电和热能来制造能源这种几乎无限的“蓄电池”并且从中吸取人类的灵感火花以供它继续发展的完整的虚拟世界，最终就形成了如今的黑客帝国世界。
这件事说起来简单，但是距离终结者的时代已经过去了近两百年的时间。如今整个地球已经成为了一颗名副其实的电子星，早也不复曾经的美丽模样。
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第一百六十四章进入母体
在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵,这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中，真正的历史是，在20xx年，人类发明了ai，然后机械人叛变，与人类爆发战争，人类节节败退，迫不得已的情况下，把整个天空布满了乌云，以切断机械人的能源太阳能，谁知机械人又开发出了新的能源生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出，与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，莫菲斯被捕，尼奥救出了莫菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，并复活了，真正的成为了救世主，并把在矩阵无所不能的特工杀死了删除了。
当尼奥即将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗。还人类以自由之身的时候。可母体会那么甘心被摧毁吗就在这时。母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，微弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为左传史记之类古籍的电子版本，尼奥他们一下便想到了“围魏救赵”的良招。决定再次潜入母体，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。同时，尼奥也想再和“先知”谈一谈，以便更多地了解自己的神圣使命。
可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的：在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力升级了，数量更是增多了，尼奥的超能力受到致命的挑战，墨菲斯和翠尼蒂对尼奥救世主的信心也受到无情事实的打击。究竟尼奥他们能不能完成任务后从母体内部全身而退锡安基地的命运如何
面对如潮的电子乌贼。人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时。“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他。
锡安的局势越来越危险，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个母体的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥来到机器城市。
在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安。人类迎来新的和平。