东晋用行动告诉天下，特别是告诉在沦陷区的百姓们，东晋不是一个偏安的政权，他们会利用一切机会，完成光复河山的梦想。
收复四川之后，桓温一战成名，俨然成为了东晋朝廷里的第一战神。但是“功高震主”的猜忌，也随即到来了。收复四川，只是桓温战略计划中的第一步，他一生最大的梦想，是光复北方的山河。比起战前内外局面的顺风顺水，之后东晋的政治形势，越发对桓温不利。这时候的东晋政权，士族当道，虽然此时的士族，还保持着对国家的责任心，但是在收复北方的问题上，东晋内部的意见并不统一。收复四川之战打响前的各派争论，其实只是表象，关键问题是东晋政权是依靠江南本地名门望族的拥立才得以扎根的，如果东晋成功光复北方国土，势必会迁都回经济人口更为发达的北方地区，那么江南世家大族对于东晋王朝的价值也就不大了。如果这样的话，就会导致整个江南士族的失势，所以在保卫国土的问题上，江南的士族们可以团结一致，桓温早年镇守徐州的战功，也可以得到士族上下的赞赏，因为这时候的桓温，是他们的保护者。西征四川虽然意见不一，但这也不是原则问题，毕竟四川的获得，可以增强东晋的防御，也是符合东晋江南士族利益的，唯独北伐不行。北伐意味着破坏整个江南士族的利益，得益的人，或许只有趁着军功确立地位的桓温。
所以桓温在收复四川后，虽然数次要求北伐，但是都泥牛入海。这时候的桓温已经是“民族英雄”，威望甚高，晋安帝个人的地位，也同样离不开桓温家族的支持。当时东晋主要的军队，是由南逃的北方汉人组成的，他们之所以作战勇敢，主要原因就是为了有一天可以打回家乡，如果不摆出一点北伐的姿态，军队的情绪是很难安抚的。所以桓温的面子还是要给的，最后晋安帝折中了一下，同意了桓温要求北伐的主张，但是在人选上，却选择了外戚殷浩。如意算盘打得很好，如果打赢了，那是殷浩的功劳，正好可以用殷浩来压制桓温，如果打输了，只要能把大部分主力部队带回来，也能对上下有个交代。这个殷浩，半点能力没有，不但打了败仗，还差点全军覆没。战败的消息传来后，全国上下群情激奋，特别是士族中的“北伐派”，纷纷强烈要求启用桓温北伐。就这样，原本晋安帝不想用的桓温，成了必须要用了。
公元354年，桓温发动了他人生里第一次北伐，这次他的打击目标，是当时盘踞关中平原的氐族人苻坚建立的前秦政权。当时的北方，原本强大的后赵政权已经灭亡，苻坚的前秦，成为中原各政权里最强的一个，这时候正在开疆拓土，意图统一北方。桓温从江陵出发，水陆齐攻，比起征讨四川的疯狂，这次他深知自己的对手很强大，所以采取了持重的办法，分两路进兵，徐徐推进。此外，他还命令梁州刺史司马勋北出子午小道。从战略上说，他这个战术很稳妥，可以说把所有的困难都考虑到了，既有陆路进攻，也有水上包抄，更有奇兵袭击，而北伐的进程，也出乎意料的顺利。当时的北方汉族百姓，对晋朝政权依然是有感情的，闻听东晋大军到来，百姓纷纷主动迎接，桓温兵不血刃地从河南进入关中，前秦军队望风而逃，一路竟然连像样的抵抗都没有。不过麻烦也从此开始了，这不是桓温仅带3天干粮就能收复四川的时候了，要想收复广阔的中原，仅仅有士气和群众基础是不够的，更需要稳定的物资补给。这个时候东晋主政的大臣，是擅长“清谈”的王衍，最擅长夸夸其谈，没有一点行政能力，眼看桓温节节胜利，一直反对北伐的他暗中使坏，对桓温所需要的物资百般拖延，结果桓温进入关中后没多久就断粮了。他对面的苻坚，也是一个很有经验的名将，本来桓温打算一旦没有粮食，就抢割关中平原的麦子，谁知到了才发现，关中平原的麦子早被苻坚撤退前收割光了，桓温没有办法，但还是不甘心，驻扎在灞水休整。这时候他有两个选择，一是回军，二是决死一搏，背水一战，全力攻打长安，就像他当年打下四川一样。但这次把握比上次小得多，前秦的军事实力远远比成汉要强，而且当年的他只是个新人，可以豁出去，如今他已经声名鹊起，不是轻易能豁出去了。如果就此退兵，自然也不甘心，所以桓温采取了一种折中的办法，在灞水驻军，一面招募当地名士，收买人心，一面等待机会。他这种做法，连当时来访的华阴名士王猛都误会了，王猛的到来让桓温很高兴，他向王猛求教，王猛却嘲笑他说，你驻扎在灞水，不进也不退，谁知道你想干什么后人常常拿此事指责桓温，说桓温是私心作祟，故意退缩不前，但事实是，桓温的物资供应，在当时已经断了，这样凶险的局面下，只要有一线的生机，谁都不会贸然赌博，毕竟要为几万北伐军负责。最后，面对前秦的坚壁清野，桓温只好无奈地回军。这次北伐总的来说，是劳而无功。
对桓温来说，这次北伐还是为他挣来了荣耀，毕竟东晋军队在战斗中，把敌人打得溃败，可以说大涨了志气，也给了所有一心收复山河的仁人志士以信心。桓温回来后，因为战功，他的地位也进一步提升。
在北伐前秦失败两年后，桓温再次青锋出鞘，这次他打了一个大胜仗，利用北方战乱的机会，击败羌族政权姚祥的军队，一举收复原来东晋的故都洛阳。这一场胜利，对于东晋政权来说是一针强心剂。东晋国都的沦陷，一直是奇耻大辱，虽然这次是借了敌人内耗的机会偷袭成功，但是东晋的国都毕竟光复了。此战获胜之后，桓温提出一个建议，得罪了整个东晋士族集团。他要求东晋迁都洛阳，这个建议一石激起千层浪，就东晋皇帝本身来说，自然不愿意迁都，建康的政局已经稳定，他早就满足于偏安的局面了。北伐只不过是一个政治口号，谁知桓温要来真的，这还了得。东晋的世家大族们更不愿意迁移，他们对于东晋的价值，就在于成为东晋王朝的后盾，如果迁都的话，他们的利用价值也就不存在了。于是，反对的声音纷至沓来，众口一词的指责桓温，打了大胜仗的桓温，一下子从民族英雄变成了士族的罪人。这一次，呕心沥血的桓温沉默了。
后人在说起这段事情的时候，很少有同情桓温的，即使明白他这么做的目的是为了国家，却还是指责他“邀功贪战”。这主要因为桓温得罪的，不是一个皇帝，也不是哪个奸臣，而是整个在东晋南迁后获得好处的既得利益集团，也包括他自己的家族。后人总在指责桓温利用北伐提高自己的地位，但是观桓温在整个过程中的所为，两次北伐后，他大多把功劳让给了各类士族，并且待人非常谦虚，从来不居功自傲，可以说低调到了极点。特别是第1次北伐的时候，明明是后方的世家大族们耽误事，他却不敢有太多抱怨。第2次北伐，桓温收复洛阳，对着洛阳的废墟，想起当年八王之乱葬送了西晋大好河山，桓温不禁悲从心来，说“有大牛重千斤啖刍豆十倍于常牛负重致远曾不若一羸牸”。意思是把当时把持政权的王衍等世家大族，比做“千斤大牛”，这也成为中国的一个传统成语，用来形容草包。
这段时期，也是东晋王朝士族阶层的逆淘汰期，当时东晋的士族们，早期虽然与桓温意见相左，但毕竟还有许多一心为国的名士。随着时间的推移，东晋士族阶层日益“草包化”，因为士族的官位是世袭的，上一代士族去世后，下一代锦衣玉食里成长起来的士族，自然少了前辈的进取精神。而且这时候东晋“清谈”流行，士族们崇尚坐而论道，夸夸其谈，很少重视实际学问，整个士族阶层素质的退化，让桓温的北伐梦想越来越难。