了瓦剌大权，并与东部的鞑靼长期内战，两家相互攻杀不休的同时，也意图借助明朝的力量。永乐元年朱棣登基后不久，鞑靼、瓦剌同时遣使入贡，朱棣热情接待，其后又利用经济手段大力拉拢蒙古各部，永乐六年朱棣下令在西北设置多处“马市”，用以招募蒙古部落，他还在边境划拨土地，招抚归降的蒙古人。永乐七年，先是鞑靼“国公”阿滩布花率部归降，继而鞑靼“丞相”暂卜率众3万归附宁夏，朱棣皆“宴厚劳之”。明军还时不时在边地招募蒙古人从军，授予官职且赐予汉名，即使偶尔出现归附后叛乱的情况，朱棣的态度也相当宽容。永乐八年，蒙古归附首领虎保误信流言，率部叛逃，朱棣禁止明边军追杀，并派使者骑快马追上虎保，宣布赦免其罪过，并表示“来去自由”，感动得虎保最后率部南归，后被安置在甘肃临洮一带定居，此后为保卫边疆出生入死，终生对大明忠心耿耿。怀柔之下，终明一世，蒙古人南下归附的事件史不绝书，朱棣的永乐时代尤其多。
至于蒙古三部中力量稍弱的兀良哈，实为朱元璋时代归附大明的辽东纳哈出部“整编”而来，其属地以嫩江为中心，包括今天西辽河和老哈河一带。明洪武二十二年，朱元璋在当地设泰宁卫、朵颜卫、福余卫，又称“兀良哈三卫”“朵颜三卫”，原为朱元璋之子宁王朱权所统辖，后跟随朱棣参加“靖难之役”立功颇多。战后，朱棣将宁王南迁至江西，把原属宁王的大宁地区今内蒙古宁城尽数划拨给兀良哈三卫，并于永乐三年在吉林开原设立马市，开展贸易。同瓦剌三部在永乐朝接受明朝册封相比，他们早在之前的洪武朝，就成为明王朝的“朝廷命官”。
明永乐十一年，数次遭明王朝沉重军事打击的鞑靼部“太师”阿鲁台，接受了明朝“和宁王”的册封。至此，从朱元璋到朱棣，历经40年苦心经营，鞑靼、瓦剌两部皆接受明王朝的“封号”，从而建立了蒙古各部相互牵制且由明朝“垂拱而治”的统治体系。终明一朝，蒙古高原风云变幻，这个体系虽偶被打破，却始终未变，最终演变成了清朝的“盟旗”制度，这个体系也意味着北元时代相对于明朝是“外国”的蒙古各部落，如著名历史学家朱绍侯所言，变成“明朝中央政府管辖下的地方政权”。
三
维持这个平衡的方式，除了明王朝的怀柔政策外，也有各大势力相互征战中的此消彼长。这一时期的战争，可谓是明蒙战争与蒙古各部内战相互交织，错综复杂。
自永乐元年公元1403年瓦剌与鞑靼开战以来，在人口和资源方面占尽优势的鞑靼节节胜利，志得意满下，阿鲁台对明朝也极其傲慢。永乐七年公元1409年，朱棣以祝贺本雅失里继任可汗为名，谴礼科给事中郭骥即曾被帖木儿扣押近十年的那位大明使臣至鞑靼“王庭”和林出使，送还往年交战的俘虏，并赠送彩币等物，且在国书中说“可汗王朔漠，彼此可相安无事”，极力表达和平诚意，孰料阿鲁台竟将郭骥斩首，大明使团中仅随军百户李咬逃回。阿鲁台随即整顿兵马，准备南侵为明朝“屏障”的兀良哈三卫。消息传来后朱棣震怒，九月派淇国公邱福率10万精兵远征，孰料大军行至克鲁伦河后，邱福不听副将李远劝阻，率数千亲兵脱离大部队冒进，遭鞑靼军围歼，邱福阵亡，随后鞑靼军乘胜追击，10万明军大溃，副将王聪、李远、火真皆战死。败报传来，朱棣决意雪耻，次年正月下诏亲征，集结50万大军，于二月十三日出居庸关北进，大军一路扫荡漠北，鞑靼部坚壁清野，远撤避战。经过周密侦查，五月终于在成吉思汗家乡斡难河捕捉到鞑靼军主力。五月中旬，朱棣与本雅失里在斡难河决战，朱棣身先士卒，率麾下亲兵冲锋，本雅失里大溃，仅带7人逃窜，朱棣随即下令将捕获的蒙古俘虏全部释放，并发放口粮。“攻心”下各蒙古部落纷纷来降，六月八日，朱棣军于飞云堑围困阿鲁台，阿鲁台以“请降”为缓兵之计。朱棣将计就计，先假意与阿鲁台谈判，继而发动突袭，以柳升的神机营火器轰炸，追杀百余里大破阿鲁台。七月三日，大军返归开平。至此，明朝的第一次北征，以重创鞑靼而结束。
战后，永乐八年十二月，阿鲁台遣使谢罪，贡献马匹，并借机恳请朱棣允许他迁至辽东管辖女真部落。朱棣想用阿鲁台牵制瓦剌，故拒绝了阿鲁台的请求，但表示既往不咎。同年十二月，朱棣遣使将阿鲁台流落在明朝，失散近20年的哥哥和妹妹送回，从此两家关系渐近。但彼时瓦剌首领马哈木借机坐大，不但吞并了许多原属鞑靼的领土，更捕获了斡难河战后逃跑的蒙古可汗本雅失里。永乐十年公元1412年五月，马哈木杀本雅失里，并派使臣向明朝“邀功请赏”，朱棣深感马哈木“此奴骄矣”，双方裂隙日深。次年马哈木又派使者向明朝交涉，要求明朝归还投奔到甘肃、陕西等省的瓦剌部落，朱棣派宦官海童出使瓦剌，当面申斥马哈木罪过，双方关系日益恶劣。阿鲁台趁机在同年连续5次遣使入贡，七月朱棣封阿鲁台为和宁王，马哈木闻之大怒，频繁发兵攻打阿鲁台。十一月，马哈木大破阿鲁台，借机兵抵饮马河，意图彻底平灭鞑靼，统一漠北。为不使马哈木得逞，朱棣“决意讨之”。经悉心准备，次年三月十七日，朱棣率50万大军再度北进，特命皇长孙朱瞻基即后来的宣德皇帝随行，马哈木以诱敌深入计，派小股部队不断骚扰明军，且战且退，意图引诱明军深入作战再行围歼，朱棣一路向北，于六月一日抵达忽兰失温，马哈木已在此地集结瓦剌三部最精锐的数万骑兵。六月七日决战打响，瓦剌军屯于高山上，居高临下发起冲锋，朱棣命神机营以火器轰击，继而亲率铁骑冲击，瓦剌三部兵马尽数冲杀，双方陷入混战，一时僵持不下。明军都督朱崇以火器轰击瓦剌军右翼太平部即“土尔扈特”军，打开缺口，丰城侯林彬即后来客死越南的明“安南都指挥使”从左翼包抄，在付出惨重伤亡后冲垮孛罗部，朱棣趁机率亲兵冲击马哈木中军，更命火器齐射，殊死冲击加“高科技”，瓦剌终于全线崩溃，明军乘胜追击，在土刺河再破瓦剌军，马哈木、太平、孛罗3人趁天色已黑分头逃窜。朱棣本想继续北进，但随行的皇长孙朱瞻基劝他“不须穷追”，随即撤兵。此役令瓦剌伤亡惨重，实力大损。蒙古高原局势，再次回到“相互牵制”中。
瓦剌“顺宁王”马哈木屋漏偏逢连夜雨。永乐十三年，阿鲁台发动奇袭，杀掉马哈木拥立的傀儡可汗答里巴，马哈木转立成吉思汗弟弟的后裔额森虎为可汗，次年进兵斡难河，又被阿鲁台击败，其本人被杀。朱棣闻讯后遣使吊祭，并命其子脱欢继承“顺宁王”爵位。永乐十七年，十九年，阿鲁台两攻瓦剌，大获全胜，春风得意下，他再次拒绝向明朝朝贡，并拉拢兀良哈三卫共同反明。眼看漠北的“平衡”将再次被打破，朱棣于永乐二十年公元1422年发动第三次亲征，大军于三月三十日出师，在漠北扫荡数月，最远抵达今蒙古乌兰巴托附近，此时阿鲁台早已远逃。七月，朱棣在回师路上下令对勾结阿鲁台的兀良哈三卫进行攻击，在内蒙古屈裂河大破兀良哈，兀良哈遣使谢罪，朱棣遂班师回朝。阿鲁台虽逃脱，但实力大损，于同年接连被脱欢击败。耿耿于怀的朱棣于第二年七月借口阿鲁台图谋犯边，发动了第四次北征。大军七月出发，在蒙古高原扫荡3个月，终未找到阿鲁台，虽如此，大批鞑靼部落却纷纷归附，尤其是本雅失里之子也先土干来投，令朱棣高兴异常，赐名为“金忠”，随即于十月回师。金忠将阿鲁台的“军事机密”尽数相告，并一再怂恿朱棣继续北征，永乐二十二年三月一日，以金忠为向导，朱棣发动了第五次北征。大军在蒙古高原进行“地毯式搜索”，至六月已行至今俄罗斯境内，却终不见阿鲁台踪影。六月十五日，明军得到情报，阿鲁台就在向西不足百里，名将张辅“自请一月粮，率精骑深入”。朱棣却已厌倦，下令班师。七月十七日，朱棣在回师路上病逝于榆木川，享年65岁。而根据蒙古国史料记录，张辅自告奋勇要求追击的那一天，阿鲁台就躲在距离西边明军主力仅两日行程的哈喇山中，灭顶之灾，就在朱棣的一念间改变。