认为开发河套固然费钱，但“河套农桑之利，足输九边之用”，必能“解朝廷兵费之忧，熄中原流民之患”。王越在成化八年，十六年两次大破蒙古可汗，迫使鞑靼部退出河套草原，丘浚皆在“第一时间”上书，建议朝廷“速屯边兵，迁移流民，充实河套边防”。对于众多朝臣一筹莫展的“经费问题”，丘浚创造性建议出台“优惠政策”，鼓励北方商人特别是山西盐商在河套兴置产业，开垦农田。此项奏议引起骂声一片，户部尚书殷谦指责丘浚“身担礼部要职，不思本务，却妄议户部事，此渎职之行也”。刑科给事中毛弘更给丘浚扣了个“擅变成法，妄论祖制”的帽子，户科给事中丘弘更过分，甚至怀疑丘浚“私通商贾，暗收贿赂，不可不查也”。对这一切，朱见深倒是“不查”，却也“不纳”，反多次劝丘浚“汝忧心国事虽可嘉，然理财用兵皆非汝之责，朕用汝，乃用汝之长野”，还是希望丘浚做好“文化工作”。当然这期间丘浚的“文化工作”也不差，一是颁布了“擢拔之制”，即全国各县县令，每年需选拔3名本地家境困难却好学上进的14岁以下少年才俊，上报中央由国家资助完成学业。这可称是世界上最早的“义务教育法”。此外他身兼国子监祭酒中央大学校长，多年来悉心教育，为国家培养诸多人才，弘治、正德两朝诸多英杰皆出自他门下。在编修英宗实录的同时，他也编写了另一部史料经典宋元纲目，这部详细记录宋元时代蒙古人历史的著作，不但成为之后明王朝制定对蒙古政策的重要参考，直到今天依然是世界各国蒙古史学者的重点研究对象。虽在朱见深时代被认定“治世之才稍逊”，丘浚礼部侍郎的位置却稳如泰山，在错综复杂的官场争斗里“置身事外”，算是因祸得福。但“坐山观虎斗”的丘浚也不闲着，兵部尚书项忠骂过丘浚“纸上谈兵，神似赵括”。后来汪直陷害项忠，丘浚也让自己的门生御史杨礼“跟风”弹劾，落井下石一把。户部尚书杨鼎因河套一事同丘浚结下梁子，后也被丘浚整出了“擅用公费”的黑材料，黯然罢官回乡，至于两位曾给丘浚“扣帽子”的言官毛弘、邱弘，丘浚也一直“惦念着”，时常趁给朱见深讲课的机会“说坏话”，终令二人先后被撤职丢官。其睚眦必报的行为，也为他最后的悲剧埋下伏笔。
除此以外，丘浚在成化朝的23年中，忙里偷闲，默默地做着一件事，正是这件事，不但造就了他在弘治朝初期的一鸣惊人，更奠定了他在中国历史上无与伦比的崇高地位。
三
明成化二十三年公元1487年十二月，即位仅数月的明孝宗朱祐樘，收到了丘浚送来的一份石破天惊的礼物丘浚呕心沥血20年完成的皇皇巨著大学衍义补。
大学衍义是南宋理学名家真德秀的名作，是全面继承发展朱熹理学思想的儒家经典，其内容包括儒家理学“修身”“齐家”两大内容，被此后历代学者奉为经典。身为后人的丘浚，仿照此书的体式，完成了独创性的著作大学衍义补，中心思想只有一个：治天下。
这部30万字的著作，全面论述了此时明王朝面临的种种问题官风糜烂，财用枯竭，垦田锐减，天灾横行，并一针见血指出了解决问题的两大关键效率、税制。而其中具有颠覆性思想的是一句话：食货者，生民之根本也。在重农抑商政策实行上千年的中国，第一次鲜明提出了商品经济是国民经济根本的主张。著作分二十三卷，卷卷皆讲经济政策，以孔子“天何言哉，四时行焉，百物生焉，天何言哉”为核心思想，全面阐述大明朝农业、税收、军屯、外贸、关税、盐政等改革措施。书中的思想，是对两千年中国封建社会传统经济思想的全面颠覆。直到几个世纪后，清朝大儒纪晓岚在编纂四库全书时，依然痛斥丘浚“率意妄做，可谓荒谬”。清末维新领袖梁启超却对其颇为推崇，一日梁启超与某西方富商交谈，对方大谈西方近代重商主义思想，梁先生大笑，手指一本大学衍义补道：“汝之说，此书早尽言也。”
在丘浚生活的明朝中期，此书一经问世，自然引起轩然大波，时任内阁辅臣的徐浦认为丘浚之说“妖言祸国”，但年轻的朱祐樘却深感兴趣，数夜“挑灯研读，时击掌嗟叹，言大明竟有如此奇才也”。数日后对丘浚表达了“读后感”：“此书既为救时之良策，更为治万世之远谋。”当即下令福建布政使负责刊印，全国发行。
正是以这部大学衍义补为参考，少年登基的朱祐樘大刀阔斧，开始了对于大明王朝政治经济的全面整合，政治上，依书中“官职不在多，却在效用，良臣不在品德，却在督考”，朱祐樘启用王恕为吏部尚书，设立“京察”“栓选”“评考”制，即后来张居正“考成法”的前身。税收上，如丘浚书中所言“国家财税之锐减，一在土地兼并，黄册萎缩，二在米粮通运，耗费巨大，三在机构重叠，关节横生”，朱祐樘简化了税收体系，裁减税收机关，在全国范围内遏制兼并，并继续开放辽东和湖广的“无人区”，招募农民屯垦，缓解土地矛盾，更推出了“折纳银钱”制，即农民可将半数税粮以白银方式缴纳，这一条，即是后来“一条鞭法”的前身。弘治五年，原内阁首辅刘吉被撤职，丘浚以礼部尚书身份入阁，首开明王朝“尚书阁老”先例。之所以破例，看中的还是他这份“治世之才”。
丘浚也未让朱祐樘失望，除高瞻远瞩外，具体改革措施上，丘浚更谋划详尽。弘治三年，朱祐樘着手整治江南税赋，清理历年积欠，丘浚认为“百姓苦于苛政，不宜催逼，需平抑赋税，方可两难自解”，继而详细谋划，重施周忱时代的平米法。在具体税收策略上，丘浚推出了“问责制”，即每年秋收初期，地方官要向朝廷“报计划”，具体税额，以朝廷下发的“凭票”为据，不得肆意加征，小小的改动，就堵住了官员“贪墨”的口子。在税粮运送上，丘浚推出了“兵补制”，每年负责押送运河税粮的“运军”，由兵部统一补贴，减轻运军负担，运军所过之府县，由当地布政使和按察使联合监督税粮押运盘点，实行“集体负责”他还创立“扣分”制，凡税粮有减损，各级负“连带责任”的官员都要被“扣分”，扣分到一定程度，便自动“下岗”。苦心谋划下，成化朝时期连年入不敷出的明王朝终重现生机，数百年后，清末政治家曾国藩也曾感叹：“前明弘治时，民不加赋却国用足，诚为我朝之鉴也。”