口子，李如松趁机率部突围，日军紧紧围困，不断缠斗，恶战从一月二十六日早晨打到黄昏，李如松冲不出去，日军攻不上来，双方陷入僵持。此时，李如松部将杨元得悉情况，率1000骑兵从外围发起攻击，筋疲力尽的日军登时大溃，李如松趁机突围而出，一场惨烈的遭遇战就此结束。
碧蹄馆之战，明军前后共动用兵力5000，并非大规模战斗，但战斗过程却异常艰辛，李如松在战后的奏报里称自己被“围匝数重”，可谓艰苦之至。明军伤亡过半，但日军的情况更惨，仅黑田长政上报的阵亡名单，将领就有30人，士兵数目高达8000人。这场日军苦心发动的围歼战，并未阻止明军进攻的脚步。碧蹄馆一战死里逃生让李如松明白，日军实力犹存，很难一下消灭，因此他开始用奇计，先是在二月，派数十敢死队奇袭王京城外的龙山，将侵朝日军的粮食全部被烧毁。断粮的日军无奈，在四月退出王京，同时遣使至北京，请求“和平谈判”。明朝方面，从内阁大学士赵志皋到兵部尚书石星，都建议明军尽早结束战争，次辅张位更以永乐时期征越南一事为例，建议明军谨防陷入朝鲜战争泥潭。见日本服软，万历皇帝也表态愿意和谈，双方起初达成协议，日军撤出朝鲜，只留少量兵力驻扎朝鲜沿海，明朝军队也只留6000人驻朝，其余撤回国内。朝鲜战争的第一阶段就此结束。
但丰臣秀吉不是真心和谈，只不过利用和谈做幌子借机备战。双方使者往来密切，日方也假意接受了明军的三大和平条件：册封丰臣秀吉为明朝藩属日本国王，从朝鲜撤军，放还掳掠的朝鲜官民。实际上，从公元1593年四月停战起，日本就开始了新一轮备战。公元1593年六月丰臣秀吉颁布了“从军法”，规定凡年满16岁男性都要服兵役，同时大力购买马匹，在朝鲜沿海和日本本土训练骑兵。公元1594年八月，丰臣秀吉更用重金收买葡萄牙人，得到了葡萄牙当时的主力战船“蜈蚣船”，并下令仿制演练。公元1596年九月，依照先前和日本达成的“和平协议”，明朝使者杨方亨至日本“册封”丰臣秀吉。自以为实力大增的丰臣秀吉，此时终于露出了獠牙，他先是当众羞辱明朝使者，将明朝使者驱逐出境，继而又行反间计，在朝鲜散步谣言，说朝鲜水师大将李舜臣要造反，导致李舜臣被下牢狱。公元1597年一月，丰臣秀吉再次出兵，派15万大军侵朝，朝鲜战争风云再起。
不巧的是，这次日本侵朝，明朝国内又有战事，西南播州土司杨应龙造反，明朝正在全力镇压。因此日军压境朝鲜时，驻朝明军仅有6000多人。朝鲜方面还是一如既往地不经打，日军势如破竹，再次逼近王京。碧蹄馆之战中救李如松突围的杨元死守南元，几乎全军覆没，危急关头，由解生统领的2000蓟州兵戚继光当年在蓟州练兵的骨血死守稷山，与2万日军血战，成功将日军打退，为明王朝稳住了战局。此时李如松已去世，明朝以兵部侍郎刑玠为蓟辽总督，麻贵为备倭总兵，杨镐为朝鲜军务经略，率4万大军入朝。
明军于公元1597年十月入朝，先攻打星州不克，继而在青州设伏，重创日军毛利秀元部，此战虽未全歼敌人，但日军从此再未发动进攻，明军转守为攻。十月二十三日，明军兵分三路包围蔚山加藤清正部，这是至关重要的一战，如果能成功攻克蔚山，就意味着日军的后路被断，侵朝日军将被分割围歼。但蔚山由日军苦心经营多年，其军队也是侵朝日军中战斗力最强的一支，明军进攻打响后，多次冲锋皆受挫，战事进行了十数日，明军寸步难行。关键时刻，游击将军陈寅率领浙江赶来的戚家军奋勇冲阵，连续攻破日军蔚山大营，明军乘胜追击，攻破日军大部分堡垒，将日军压制在蔚山最后的要塞岛山营。眼看胜利就在眼前，未曾想指挥此战的杨镐为了让嫡系李如梅李如松的弟弟抢功劳，竟下令担任攻坚的戚家军撤回，由李如梅发起攻击，李如梅很不争气地被日军打退，而大好战机就这样消逝。随后明军多次抢攻皆不能奏效，又赶上大雨如注，明军火器无法轰击，战局骤然恶化。公元1598年一月，日军小西行长部率军驰援，冲破明军外围包围圈。明军总指挥杨镐竟然临阵脱逃，带头逃窜，明军登时大乱。幸亏戚家军的吴惟忠、陈寅两部坚决断后阻击，打退了日军的进攻，终让明军全身而退。蔚山之战在清朝人编的明史中一直被说成大败，有说法是明军损失2万多人。而根据朝鲜人的史料记载，明军损失的确切数目是3258人。日军方面也付出了重大代价：日本战史说，战前蔚山加藤清正部有2万人，战后只剩5000人。虽然如此，但蔚山之战并未达到切断日军后路的目的，可谓功亏一篑。
蔚山之战彻底把日军打醒，此战之后，日军的战略变成了龟缩堡垒，消极防御，即使总兵力远远多于明军，却不敢与明军野战。之后明军多次集中兵力，攻打日军盘踞朝鲜的蔚山、泗川、顺天三大要塞，日军严防死守，使明军一次次攻击受挫。同年十月，发动侵朝战争的丰臣秀吉去世，接替丰臣秀吉主政的日本“五大老”，此时的主要目的已变成如何让日军全身而退。潜伏在日本的明朝锦衣卫，及时获知了这一情报。因此明朝蓟辽总督刑玠决定，趁日军撤退时，从海上阻截，彻底消灭日军。
公元1598年十一月，日本主力部队开始全线撤退。明军采取了“围其必救”的战术，由海战名将陈璘与朝鲜水师名将李如松合兵，在露梁海设伏，截断日军主将小西行长的退路。十一月十九日，日军岛津义弘部前来援救小西行长，结果被明军包围，露梁海战打响，明军以巨舰封锁海口，用炮火猛烈打击日军。当年俞大猷创建的抗倭英雄部队“俞家军”主动担任冲锋，由邓子龙率领快船攻击日舰，双方先是炮战，继而是白刃战。朝鲜水师特有的龟船甚至采取“自杀式冲锋”，用撞击的方式撞沉日舰。日本舰队左突右冲，始终无法突破明军包围，在观音浦，明军火箭齐发，焚烧日舰，丰臣秀吉苦心创建的日本海军陷入了一片火海之中。至二十日天明，战斗基本结束，明军击沉焚毁日军战船450多艘，歼灭日军近2万人。被断掉退路的小西行长也遭明军围歼，其部队7000人阵亡，只有他本人带几十个亲兵夺船而逃。此战明军也付出了惨重伤亡，水师副将邓子龙和朝鲜水师主将李如松双双阵亡。至此，持续7年的抗倭援朝战争彻底结束。
战争结束后，对明朝的付出，朝鲜方面感激不尽，朝鲜国王特意在王京设立了“大报坛”，用以感恩明王朝。而此时已经十多年不上朝的万历皇帝，也破天荒地接见群臣，于万历二十四年公元1596年在北京举行盛大献俘仪式。7年朝鲜战争，花费白银近800万两，不过此战让日本元气大伤，乖乖龟缩日本岛200多年。继丰臣秀吉后统治日本的德川家康，乖乖向明朝称臣，重新给中国当小弟，即使是200多年后甲午战争开战前，日本国会依然有议员以抗倭援朝战争为由，反对向中国开战。
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