是以帝国国防部官员过于亲近日本人为由，重组了国防部。组建帝国三军总司令部，帝国军队对外统称国防军，他自任最高统帅。任命孙仲伦为大汉帝国国防军总司令，军衔为陆军元帅；陆杰飞为大汉帝国参谋总部参谋总长，军衔为陆军上将。接着，把帝国内务部与护国军安全情报局合并，称为国家安全局，任杜英豪为局长，军衔为陆军中将，统领全国情报系统。
西元1933年9月8日，方云终于是登上了帝国权力的顶峰。在前帝国总统李飞耘遇难后一个月，大汉帝国政府对李飞耘的飞机失事调查做出了客观公正的结论：机械故障。
在这份报告公布后不到一天时间，帝国政府新闻处就向全国发出了通告：由于李飞耘总统的意外逝世，总统的职务要和总理的职务合二为一，方云将担任帝国首脑以及帝国武装部队最高统帅。
与此同时，帝国国防军总司令孙仲伦元帅和国防军三军总司令们在总统府，简单地举行了国防军三军总司令向统帅宣誓的仪式。孙仲伦元帅以国防军总司令的身份领读了誓词：“我庄严地宣誓：我将无条件地服从大汉帝国和人民的首脑、武装部队最高统帅方云；作为一个勇敢的军人，愿意在任何时候为实现此誓言而献出我的生命。”
这是一个非常神圣的誓言。只不过以前是对宪法或祖国宣誓，现在是对方云个人宣誓。这样，大汉帝国的国防军将完全臣服于方云。从一位海外游学学子到大汉帝国最高统帅，方云用了十年时间，这不能不说是一个传奇。
方云为李飞耘夫妇举行了隆重的葬礼。
在庄严的葬礼上，方云沉痛地宣读了悼词。演讲把李飞耘说成了一个为帝国强盛立下汗马之劳的英雄，为大汉民族开创不世大业的先驱，同时还是一个提携后进的谆谆长者。对前第一夫人陈美玲，他赞扬了她的美貌和智慧，称其英华早逝是帝国最大的损失。对李飞耘在大汉帝国犯下的重重丑行只字不提，博得了李、陈家族的好感，认为方云担任国家最高首脑也是一件可以接受的事情。
哀悼日期一过，大汉帝国的国家国民委员会很快就批准了方云就任帝国总统兼任总理的任命。方云手中真正地握住了帝国的帝王权杖
接下来就是对帝国要害部门的绝对控制和清洗。
在政府方面，方云任命王文宾为帝国常务副总理兼新闻外交部长，推荐何凯担任帝国国会委员长，王家瑜就任农业部部长，钟羽就任帝国警察总部总监，朴志玄就任帝国副总理兼民政部部长，黄胜利就任帝国副总理兼工业部部长，刘爱国出任帝国副总理兼商务部部长，宋昌盛出任帝国副总理兼财政部部长，龙江就任帝国交通建设部部长。其他所有官员方云允许他们留任原职。
在军队方面，方云以护国军为班底，重建帝国国防军，并对正规军军衔制度和预备役军衔制度进行了相应的调整。李飞耘的中央军系有部队82个甲级师，共150万人，再加上为数众多的地方部队包括东北军，西北军乙级，丙级部队，总兵力接近600万人。按照大汉帝国36亿的人口比例，国防军正规部队应该为320万，预备役部队为960万。根据这一原则，方云对军队进行了大规模整编：把原帝国军队统一编制、装备、训练和思想灌输，裁弱留强；对军官分批进行培训考核，统一战术思想；编余军官送到军校集训转业。对于原帝国军队中众多的德国军事顾问，方云是尊重他们的意愿，愿意留下的就继续留任，不愿意留下的，就安排他们回国。
美国政府对方云奇迹般地成功非常高兴和意外，发表了贺电。为了祝贺民主制度在远东的胜利，加大了对大汉帝国的经济援助。随后是德国、法国的大使也转来了各自国家元首的贺电。而英国也抛开了羞答答的面纱，给方云发来了祝贺电报，加大了对大汉帝国的贸易。南亚、东南亚的物资源源不断地涌向大汉帝国。
这应验了方云对它们的评价：美英之间有分歧；都想在这个新兴的倾销市场获取最大利润；对突发事件缺乏心理准备从而进退两难。
日本政府就显得颇为紧张，一个仇日排日的人担任了大汉帝国的总统，对其实现大东亚共荣圈的战略意图是一个巨大的打击。众所周知，在大清帝国时期，日本就不断地挑战这个以龙为图腾的东方帝国，不但在外交军事上对腐朽的大清帝国进行打击，而且不遗余力地支持大清帝国的反抗势力，特别是孙先生的同盟会，所以，在三民党革命成功之后，很多原政府大员对日本有着病态的依恋，这点是以何英清为代表的。现在上来了一个亲欧美，排斥日本的方云，怎能不让日本紧张呢
对于西安事变的主角张良和杨诚两位将军，方云处理得很简单，直接交给了帝国国家法庭审理。而扣押的社会党代表团，方云命人秘密把他们押赴南京关押，然后亲笔写了一封信给华泽民，要求革命军不要再和帝国对抗，帝国旧的一页已经翻过去，现在是新的篇章的开始，希望革命军放下武器，接受帝国的整编，共同为抗日事业作出贡献。
同时，安排了一个谈判小组赴延安与革命军进行谈判，并指示王文宾在舆论上造势。从而形成这样一个结果：你们社会党革命军不是一天到晚宣扬抗日吗现在帝国邀请你们参加谈判，共同抗日，给你们机会。
对于苏联人和日本人支持下的外蒙分裂分子的蠢蠢欲动，方云发出了警告。
方云告诫这些外蒙的分裂分子，不要企图挑战帝国的心理底限，蒙古是帝国不可分割的一部分。他的这些说话，让苏联感到颇为不快。