到齐后，李彦直升帐点将，论功行赏，先宣示朝廷设立海军都督府之旨意。他宣布将他从上海带来的海府军本部以及留守澎湖、大员的海上机兵团合并为大明海军，又分出北海、东海、南海三支海军，各设都指挥使一人，都指挥同知一人。
北海海军辖长江口以北海面，下管金州、威海、平壤、济州四卫，以王牧民为都指挥使。其中济州卫有名无卫，此卫的建设任务也将由于北海都指挥同知张岳负责。
东海海军辖长江口以南海面，下管宁波、泉州、琉球、澎湖、吕宋五卫，以吴平为都指挥使，以张维为都指挥同知。吴平和张维现阶段最重要的任务是清理大员海峡的海盗残余，以确保东海商贸的正常进行。
南海海军辖大员海峡以南海域，这一带眼下形势最为复杂，从东海被放逐下来的私掠舰队、海盗全部涌进这片海域，传说大贼头王直也在这片海域逃窜，这样一来，东海虽然干净了，南洋却乱了。那些私掠舰队不敢侵犯吕宋，却都奔满剌加、麻逸去了。只是在南洋李彦直所掌控的军事力量又相对比较薄弱，并无一员足以与王牧民、吴平鼎足而三地大将，因此李彦直便任命蒋逸凡巡按南海，以张琏为都指挥同知，会同率领浙、闽卫所官兵下南洋的胡宗宪一起处理南洋之事。
军伍既分，又定班职，所有亲信旧属全部升了高官。至于职守则互有调动，比如蒋逸凡代表李彦直先行下南洋，而林道乾则调到上海协理市舶司总署的事务等等。
大员、吕宋在升格为府以后，地方官员也跟着水涨船高，知县变了知府，至于行政、司法体系则维持不变，算是“因俗而治”。
安平镇以北的沿海农村，在抗击海盗的守卫战中被打了个稀巴烂，战后大员政府帮助部分民众回迁，但有些已经呆在内陆不愿动了，这时海禁已开，便有大量的闽浙新移民迁徙至此，成为重建大员的新力量。
隆庆元年上海市舶司总署正式开关，东南各省的货物早已云集，大员海峡打通以后，外国商船接天蔽云而至，竟让这一年出现迸发性的交易量市舶司按照明文规定地关税，见船抽水，见货抽成，尽管陈羽霆的班底个个久经历练，但在这段时间也点货点到眼发疼，收钱收到手发软张居正原本以为这海关能收到十几万两银子补充军费就不错了，哪知海外商人进港之后的一个月里，市舶司总署的关税进账就已接近两百万两要知道太仓一年的岁入，有时候也才两百多万啊而这还远不是最终的数字。
李彦直接到陈羽霆的信后心中大定，有了这笔钱打底，海军都督府衙门的养军费用就有保障了。
第六卷 之二十二 鱼与渔
路易斯阿尔梅达是西班牙在亚洲方面的总督洛兹派遣的特使，却以商人的身份带着一箱箱的南美金银，来到澎湖，从中国官员手里领取一张通过海峡的船引，商船必须确定自己要到达哪个港口，是到上海，到宁波，还是到日本、琉球，不同的目的地有不同的船引，手里没有船引或者持有错误的船引，其船只即为非法，比如拿着标明前往上海的船引，若离开上海之后要到日本去必须另外再办手续，否则大明海军将有权进行军事处置。
阿尔梅达的船只越过大员海峡，在四月到达宁波附近，在舟山验明船引，然后再开往黄浦江入海口。
“中国海域变得秩序井然了。”阿尔梅达在他的日记里写道：“我是第三次到达宁波附近了，第一次到达时，繁荣的双屿还在，第二次到达时，整个东海都处于一片混乱之中，那时候虽然我们不需要花钱购买船引，可是时时刻刻都要防备着海盗的袭击哪怕是进了港口也要提心吊胆，因为那时候的海港大多在海盗手里，而海盗则是政府军打击的对象。现在则不用担心这一切了。大明帝国的政府军已经控制了这片广袤的大海，大部分的海盗都被赶到日本、南洋去了，中国海面上现在还剩下的危险，大概就只有风暴了。”不过，阿尔梅达又透露了一点惋惜：“虽然我们得到了安全，但我们也失去了自由我们再不能像过去那样为所欲为了，所有的事情包括航海和商业，都在中国人的控制下进行。至于劫掠，现在整个东海大概没人敢挑战大明帝国海军元帅李的威权了。”
没法进行劫掠，对阿尔梅达这样已经有资产的海商来说还好，可对于那些只带了一艘船、一身胆和几门火炮就来闯中国的欧洲人来说无疑却是晴天霹雳。阿尔梅达在日记中之所以会有这样的感触，只因他在发迹之前也干过这种伤天害理富自己的事。
进入黄埔港口以后，这里有一个专供外国商船停靠的码头，码头边划了一片大概三百亩的土地。用篱笆圈了起来，这里就是供外国商人上岸后居住停留地地方了，上海人将这里叫作番滩。
这个地区原来有一些低矮简陋的民居，但仅仅这些当然无法满足外商们的需求，不但数量远为不足，而且这样的房子阿尔梅达也住不下去。
于是有精明的商人开始承包这一带的工程。正在赶建客栈，不过这些阿尔梅达是享受不到地了，他上岸后住进了一个帐篷里，将就过了一晚。第二天又让助手去排队，向当局递交贸易申请。
中国的商人大多住在上海县城，由于大量的商贾往这边涌，上海县城早就住不下了，他们就只好住在近郊。可以预见将来这座市舶司总署所在的城市势必要扩建。
在番滩和上海县城之间又有一个特区，官方演习旧称呼将之叫作榷场。是一个大约五百亩左右的区域，在陈羽霆的规划中这里将建立十五个商贸坊，作为中外商人交易的所在。现在房屋还没建好，只是用泥土垒出成十五个区，如陶瓷区、丝绸区、棉布区等等，房子都还没见影子呢，大部分地方只是露天，但商人们进入之后已经开始交易了。