，如萨迦派，基本上采用以昆氏家族为基础的家族传承方式。但最具特色的还是活佛转世制度。“政教合一”是喇嘛教的另一大特点。历史上，藏传佛教的多数派别都和一定的政治势力包括地方实力集团或家族势力结合在一起，形成政教合一制度，教依政而行，政持教而立，彼此依存。这一制度在吐蕃赤祖德赞赞普时初见雏形，至萨迦派时正式确立，其后不断完善，待格鲁派掌地方政教大权后而达鼎盛。新中国成立之后，在一九五九年民主改革时废除了这种政教合一的统治形式。
藏传佛教进入各个教派形成时期是十一世纪中期以后，相继涌现噶当、萨迦、宁玛、噶举、格鲁、希解、觉宇、觉囊、郭扎、夏鲁等教派。有较大影响力并流传至今是当、萨迦、宁玛、噶举、格鲁五个教派，其它的教派由于势力的微薄，已渐渐在历史的舞台上隐退。
当派创建于一零五六年。藏语“噶”指佛语，“当”指教授。通俗说法是用佛的教诲来指导凡人接受佛教道理。当派的奠基人，是古格时期从印度迎请过来的著名佛教大师阿底峡，热振寺是噶当派的主寺。该教派以修习显宗为主，主张先显后密。在当派传承中，形成了三个主要支派：教授派、教典派、教诫派，并各有自己所依的典藉和教义。十三世纪晚期，一位名叫丹惹迟的当教典派僧人，把当派的纳塘寺搜集保存的大量藏译佛经编订成甘珠尔、丹珠尔。这就是在佛教历史上具有重要地位的藏文大藏经最早的编本。当派由于教理系统化、修持规范化，因而对藏传佛教其他各派都有重大影响。举、萨迦派的一些重要僧人都向当派学习。而格鲁派则是直接在当派的基础上建立的，故有“新噶当派”之称。此外，藏传佛教中一切大论的讲说，也都源于噶当派。十五世纪时格鲁派兴起后，因格鲁派是在噶当派教义的基础上发展而来的，因此原属噶当派的寺院，都逐渐成了格鲁派的寺院，噶当派从此在藏区隐灭。
萨迦派：萨迦，藏语意为灰白土，因该派的主寺萨迦寺建寺所在地呈灰白色而得名。创始于一零七三年，由于该教派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花条，故又称花教。萨迦派的教主由款氏家族世代相传。有血统、法流两支传承。萨迦派不禁娶妻，但规定生子后不再接近女人。僧人戴红色、莲花状僧冠，穿着红色袈裟。十三世纪中，萨迦派发展成具有强大政治势力的教派，有过著名的“萨迦五祖”。其中，萨迦四祖萨班兖坚赞，于一二四七年率各个封建势力归顺蒙古。萨班去世后，萨迦五祖八思巴，受到元朝皇帝极大的恩宠，被封为“国师”、“帝师”、“大宝法王”，并奉命创制了“八思巴文”。这种蒙古新文字，流通蒙古全境，促进了蒙古的社会、文化进步。萨迦派教义是属于“时轮金刚法”和“金刚持法”的体系传承。时轮金刚法至今是藏传佛教最重要的学科之一。
萨迦派于一五五零年在四川德格贡钦寺设立了德格印经院，是藏区最著名的印经院。专门刻印藏传佛教经书、历法和医学等千多种典籍，对保护和弘扬佛教起了重要作用。
宁玛派红教：宁玛派即旧教派。它的名称含有“古”、“旧”两种意思。就古义而言，这一派自称他们的教法是由莲花生所
一世纪形成，是藏传佛教中最早产生的一个教派。言，这一派自称以传承吐蕃时期所译的密教典籍为主，不同于佛教后弘期的仁钦桑波等人所译的新派密教经典。它是最早传入的密教并吸收原始苯教的一些内容，重视寻找和挖掘古代朗达玛灭佛时藏匿的经典。由于该教派僧人只戴红色僧帽，因而又称红教。
某些地方对僧侣的要求不甚严格，可以娶妻生子。如今，红教不仅在中国藏区传播，在印度、尼泊尔、不丹、法国、美国等多个国家也有分布。宁玛派最重视“伏藏”被埋藏的经典称为“伏藏”，专门发掘“伏藏”的称为掘藏师。由十二世纪中叶起，陆续出现了不少著名的掘藏师，其中又有南藏、北藏之分。由此形成卫藏地区宁玛派的两个支派。宁玛派的教义最突出的东西是“大圆满法”，该法主张“体性本净，自性顿成，大悲周遍”。这和内地佛教禅宗主张的“心静则佛”有点相似。自五世开始，历届地方政府，每逢战争、灾荒、瘟疫等，都要请宁玛派僧人作法解，宁玛派高僧曾一直作为噶厦政权专门祈祷师，负责占卜问卦。
举派白教：该派于十一世纪发展起来，重视密宗学习，创立者先后有穹布朗觉巴和玛巴罗咱瓦玛巴译师，他们都曾到印度学习了不少的密法，主要是学四大语旨教授。“语旨”是佛语的意旨，由祖师口语相传，代代延续故称为语传，藏名叫“举”。因该派僧人按印度教的传统穿白色僧衣，故称为白教。举派本来创始于玛巴译师和米拉日巴二人，但他们二人都没有修建寺庙，招聚僧人，所以传法事业发展不大，到他们的第三代达布拉吉时，才在达布地区建立冈布寺，招聚门徒，弘传玛、米二人所传举教授。举派创始人米拉日巴10401123，师承玛巴译师他修成了最为弦妙莫测的“夺舍秘法”。即是将一种身体的心识迁移到另一个身体上，或者是从一个地方转移到另一个地方，进入一种由修法者独自选择而决定的转世状态，即如我们所说的借尸还魂。玛巴译师是噶举派的第二代祖师，是全藏最著名的瑜伽大修士。他七岁丧父，遭叔父欺凌，受母之言学咒术杀死怨家多人后深悔其罪，故跟玛巴学法。玛巴最初不传法而先用种种苦行折磨和考验他，后圆满传授给以语旨教授。此后他长年在深山闭关苦修，缺衣少食，生活极为艰苦，曾有一年以麻为食，肢体长出了绿绿的毛，肤色也像一样，形同鬼魅。据传练成了空中飞行之术，晚年才开始收徒传法，八十四岁圆寂于聂拉木。
苯教黑教：苯教又叫奔波教或者觉囊派。苯教相信万物有灵，相信各种征兆，擅长巫术。他们一般采用占卜的方法来解除人世间的各种灾难。苯波，就是指能通鬼神之路的巫师而始祖辛饶米沃隆的意思就是最高的巫师。因为苯教教徒常穿黑衣戴黑帽，所以又叫黑教。但苯教的基本色调是蓝色，象征海洋，博大无边黑教的僧人是可以吃肉和结婚的。寺院的住持喇嘛是按照血缘关系来继承的。而他们所念的经文不是六字，而是：哦嘛直莫萨耶来德八字真言。