善于伏击的特长发挥到了极致，在包围圈里设下了一个又一个圈套。合围杨玉科的法军，一连了三次埋伏，损兵两千余众，阵势大乱。杨玉科也知道自己的三千孤军难有作为，趁着法军包围圈出现缺口，闷头冲了出来，随着潘鼎新撤进了镇南关。
不战而退，丢失重镇，又差点害死杨玉科的潘鼎新也是没脸了。自己老老实实的向朝廷发出了电，认下了自己的罪过，请罪的态度非常的诚恳。湘、淮本是一体，李鸿章自然要为潘鼎新说话，而且西线也确实没有合适的将领，所以朝廷宽恕了潘鼎新，并希望他知耻而后勇，能够在前线待罪立功。
“云阶，镇南关还得靠你，前日的事对不住了”潘鼎新知道法军的下一个目标必然是镇南关，不过他麾下诸军零散，目前能指望的只有杨玉科一人而已。好在潘鼎新也在云南当过布政使，他与杨玉科也是旧相识，两人素无芥蒂，说话也没什么顾忌。
“丞何出此言，前日不利岂是丞的过失，为国效命玉科断无他言”杨玉科是个忠君爱国的人，被孤身置于敌后他是不爽，但是为国效力他绝不含糊。
潘鼎新和杨玉科沟通了一段感情之后，便开始部署镇南关防御。由目前的最强战力杨玉科守镇南关，潘鼎新自己则驻防海村为后援。海村为龙州要隘，背靠大河，镇南关若有闪失海村便是最后的希望。
“拆毁所有浮桥，舰只一律驶往东案，此地即我与诸君为国尽忠之地”潘鼎新来了一处破釜沉舟，把自己的后路给断了，摆出了拼命的架势。谅山已经撤了一次，这次他不能再撤了，再撤他便不是自请裁撤，而是只能自裁了。
元月二十三日，潘鼎新这边刚刚布置妥当，法军的重兵便杀了来，一日便拿下了镇南关，杨玉科壮烈殉国。杨玉科是滇军悍将，数次大败法军战绩彪炳，所率广武军也是粤军精锐，算守不住镇南关，也绝不至于一日便告沦陷，他们的失败是因为被自己人给卖了。法军刚刚兵临城下，教民把打开了镇南关的关门，并且在关内四处作乱，导致法军蜂拥而入，广武军防线全面崩溃。
“吾百战余生，今得死所矣
刚猛的杨玉科不肯退却，率领亲兵杀出关外，在乱军之被炮弹击而殉国。
镇南关附近的天主教教民，被神父蛊惑，不敬祖宗，心向法军，这事杨玉科早知道。为了避免教民闹事，杨玉科特意派人把他们看了起来，可是杨玉科万万没有想到，打开关门的不是天主教教民，而是清真贵教的教民。天主教教民心向法国人，回教的教民可是两边都不向着，他们之所以帮了法国人，是因为他们要找杨玉科报私仇。因为十三年前，杨玉科逼死了一个叫杜秀的人。
杜秀出生在一个回民商人家庭，自小受过很好的教育，甚至还考过大清的秀才，但是他从事的职业很特殊，从大清的角度来说他是一个反贼。咸丰六年，杜秀在蒙化起事，攻占大理，建立政权，被推为
总统兵马大元帅
。大理政权以回族将领为核心，以宗教层组成起义坚，以教作为团结群众的思想旗帜。在职官员，设有维持清真教掌教、都掌教、副都掌教、都掌教典籍等宗教领袖的官衔。杜秀本人更是深通回教经典，常劝导民众
当遵守教义，能照圣经所行
。大力资助和发展经堂教育，并
设回学校于帅府，时常亲自课读，出题使各生作
。
不过大理政权一直盘踞在云南，即便是太平天国全胜，清军兵力极度匮乏的时代，他们也没能打出云南，因为他们的官方用语是阿拉伯语。洪秀全要搞人间天国，弄了个洋人老头来当亲爹，也没勇气让国人全都改说拉丁语，杜秀却把阿拉伯语给弄成了国语。这事是杜秀自己的伟大梦想，但却限制了大理政权的发展，毕竟除了教徒，国人懂阿拉伯语的实在太少了。
同治六年，杜秀组织二十余万人东征，围攻昆明，准备在全云南搞一场阿拉伯语的普及活动。可惜他时候选的不好，此时太平天国已经歇菜，清军的主力可都有了功夫。湘军、淮军、楚军这的主力，杜苏丹根本没遇到过，仅仅是滇军出动便把他给打回了大理。但是回军的任性还是很强的，滇军一步步攻向大理，他们节节抵抗，居然一直坚持到了同治十一年，西北的阿古柏坚持的时间还长。
到了同治十一年四月，杜秀苏丹也撑不住了，滇军已经攻到了大理城下，然后杜苏丹便使出了匪夷所思的一招。杜秀苏丹派遣使节刘道衡为使者，以班赛苏丹的名义向英国女王献了四箱云南大理石块，表示贡的是杜秀统治的土地及其臣服英国的意愿，并向英国驻印度殖民当局求援，希望英军可以进入云南拉他一把。可是彼时英国正在为了日本的事和北满州闹不愉快，根本不想贸然进入国领土引发与北满州之间的正面对抗。而且英国认为杜秀已经马歇菜，完全没有什么利用价值，所以根本没搭理杜秀。不过杜秀送来的石块，英国佬到是觉得不错，直接送回了伦敦博物馆。
到了同治十一年年底，大理城彻底山穷水尽，回家也几乎伤亡殆尽。杜秀恐怕清军入城会将回军亲眷斩尽杀绝，所以服毒后孤身前往清营请降，当时清军的主将便是时任云南提督杨玉科。杨玉科本来是想把杜秀解送京师的，可是杜秀当晚毒发身亡，只能此作罢。杨玉科倒也没有鞭尸，他把杜秀的尸身交给了回民眷属，任由他们安葬在了大理城郊下兑村。