滞留在荷属东印度的美国、英国、荷兰及澳大利亚残余部队一扫而空。岛占领荷属东印度并将菲律宾的美军部队压缩到困守巴丹半岛和科雷希多岛一隅，至此确保了东南亚的重要资源产地。以超乎想象的效率和极小的损失达成了所有初步战略目标后，岛停止行动以考虑进一步的计划。既然英国和美国都没有谈判的意图，岛开始着重守卫已经到手的占领区，并着眼于进一步进攻以便胁迫一个或更多敌国单独停战。
在这个阶段各类战略计划纷纷涌现，包括向西进攻印度，向南进攻澳大利亚，或向东进攻美国。山本参加了因此引发的辩论，在各种不同观点之间摇摆不定，有时支持某一方仅仅是为了给自己的部队争取利益。
在这些计划中包括了入侵印度或澳大利亚甚至夏威夷的大胆想法，这些浮夸的臆想很快就因陆军身陷中国战场、人手不足，也没有足够运力来调动部队的事实而遭否决。山本五十六从开战以前开始就是一个坚决的早期决战主义者，军令部的切断美澳联系的作战思想在山本五十六看来是最危险的作战选择，因为见效太慢，而且还有促使美国舰队力量加快增强的危险。山本五十六的想法是既然无法直接进攻夏威夷，也要设法使夏威夷的美国舰队出动与日本舰队决战。在这之前，要消除后顾之忧，先跑到锡兰去把英国东方舰队消灭了。较为保守的海军军令部永野修身并未支持山本的意见。
正在辩论不可开交之际，东京和周边城市遭到杜立特空袭，使参谋军官们意识到了美军航母对日本的严重威胁，迅速倒向山本一方。海军军令部授权山本紧接在试图切断澳大利亚与美国联系的战役珊瑚海海战后发动中途岛战役又称i作战，与此同时夺取阿留申群岛的作战也同步进行。
山本赶工完成中途岛与阿留申群岛的作战计划时，派遣海军少将高木武雄率领一支舰队支援对图拉吉岛、瓜达尔卡纳尔岛，以及巴布亚新几内亚正对澳大利亚的莫尔兹比港的攻击。这支部队包括新组建的第五航空战队，拥有新建的大型航母翔鹤与瑞鹤。
莫尔兹比战役进行得并不顺利。虽然图拉吉岛和瓜岛都被顺利占领，但支援对莫尔兹比的进攻的舰队不得不在5月初回头面对一支美国航母特混编队，即珊瑚海海战。虽然岛国以一艘轻型航母为代价击沉了美国列克星敦号，但美军也重创了岛航母翔鹤，迫使其回国修理。同样严重的是，岛国的指挥失误和美军的对空炮火使翔鹤与瑞鹤号航母所属的俯冲轰炸机及鱼雷轰炸机损失惨重，这些损失使无伤的瑞鹤也只能一味等待后备的飞行队准备就绪而无法参加中途岛战役。
中途岛的失败：山本策划中途岛作战的意图，在于进一步摧毁美军舰队以便岛国海军可以在太平洋岛链上专心巩固防御。山本认为必须尽早进行这类决定性战役。该战役计划包括一次佯攻作战：派遣第五舰队包括轻型航母两艘，巡洋舰五艘，驱逐舰十三艘，运输船四艘进攻阿留申群岛，空袭荷兰港并进一步入侵基斯卡岛和阿图岛，山本相信这次攻击足以将美国舰队可能包括航母从珍珠港吸引到北方。
878 山本五十六的传奇一生
包括轻型航母两艘，巡洋舰五艘，驱逐舰十三艘，运输船四艘进攻阿留申群岛，空袭荷兰港并进一步入侵基斯卡岛和阿图岛，山本相信这次攻击足以将美国舰队可能包括航母从珍珠港吸引到北方。最近的研究在日语文件资料中发现，这次作战其实是山本为换取军令本部的支持而发动的与中途岛作战平行的作战行动。当第五舰队攻击阿留申群岛时，第一突击编队包括舰队航母四艘，战列舰二艘，巡洋舰三艘，驱逐舰十二艘将对中途岛发动空袭并摧毁后者的空中力量。上述行动完成后，第二舰队轻型航母一艘，战列舰二艘，巡洋舰十艘，驱逐舰二十一艘，运兵船十一艘将派出5000步兵从美国海军陆战队手中夺取中途岛环礁。
上述对中途岛的占领行动会将美国航母编队重新吸引向西方，而第一突击编队将设下埋伏将它们歼灭。此后，第一舰队轻型航母一艘，战列舰七艘，巡洋舰三艘，驱逐舰十三艘将与第二舰队的部分兵力会合，共同将剩余的美国海军太平洋舰队兵力聚歼。
为应对突发情况，山本设置了两项预警措施。第一项是派出海军重型水上飞机川崎二式大艇对珍珠港进行远程空中侦察，确保美军航母正在港内待命，称为“k作战”；第二项是设置潜艇防线，以便在美军航母前往中途岛时尽早向第一突击编队、第一舰队和第二舰队通报敌方的行动。但实际上，空中侦察行动因故取消，潜艇也推迟到美军航母已经出击后方才就位中途岛战役的作战计划制定过程充满妥协和匆忙为赶在对马海峡海战纪念日暨日本海军节当日派出舰队，但在日军看来，计划本身颇为周详，组织严密，时机掌握得也很好。相对于岛计划投入决战的四艘舰队航母，二艘轻型航母，十一艘战列舰，十六艘巡洋舰和四十六艘驱逐舰，美国海军只拿得出三艘航母、八艘巡洋舰和十五艘驱逐舰，可见兵力悬殊。交战双方只在大型航母数量，可供调动的飞机数量以及潜艇数量上才较为接近。看上去，如果不出意外的话，山本将拥有一面倒的巨大优势。
对山本来说非常不幸，确实出了很大的意外。对于指挥官来说最可怕的事莫过于敌人对自己的作战计划了如指掌，而美国海军密码破译部门恰好做到了这一点。后者早已破译了岛国海军d号密码美军称为jn25。结果，美国太平洋舰队司令切斯特威廉尼米兹海军上将成功地破解了山本设下的两项预警措施并将美方仅有的部队配置在最适合对岛航母实施伏击的位置上。据尼米兹上将计算，他的三艘大型航母再加上中途岛机场，勉强足够与南云指挥的第一突击编队抗衡。